Работа в Psi-BLAST

Для выполнения заданий этого практикума я взял белок с кодом доступа - Q05121.

Для поиска белков, принадлежащих этому семеству было сделано 4 итерации. Результаты каждой из них представлены в таблице 1.

Таблица 1. Результаты иттераций.

Номер итерации	Число находок выше порога (0,005)	Идентификатор худшей находки выше порога	E-value этой находки	Идентификатор лучшей находки ниже порога	E-value этой находки
1	43	YP_002332823.1	8,00E-18	NP_046180.1	3,00E-158
2	42	NP_037880.1	3,00E-58	NP_046180.1	4,00E-122
3	43	NP_203587.1	2,00E-59	NP_046180.1	4,00E-117
4	43	NP_203587.1	2,00E-59	NP_848336.1	4,00E-117

Как видно из этой таблицы, число находок , фактически, почти сразу стабилизировалось, но вот сами находки менялись от итеррации к итеррации, и только последняя не дала изменений. Эти 43 последовательности и были взяты для построения выравнивания, которое можно увидеть на рисунке 1.

Рисунок 1. Выравнивание последовательностей, полученных с помощью Psi-BLAST.

Данное выравнивание в формате .fa можно скачать по этой ссылке. Проект в формате .jar - по этой ссылке.