Uniprot. Поиск по аннотации
Для поиска белков, входящиих в состав АТФ-синтазы в бактерии Oceanobacillus iheyensis использовалсф запрос organism:"Oceanobacillus iheyensis" AND name:"ATP synthase" (промежуточные запросы и их результаты можно увидеть в таблице 1). Результаты, полученные по этому запросу представлены в таблице 2. Как видно, в состав АТФ-синтазы входит 13 белков. Из них к коду protein existence - "inferred from homology" относится 8 белков, а к "predicted" относится 5 белков. Скачать фалй в формате .fasta этих белко можно тут.
| Геном или таксон | Запрос | Число записей | Swissprot | TrEMBL | Комментарии |
| Oceanobacillus iheyensis | organism:"Oceanobacillus iheyensis" | 3492 | 552 | 2940 | Все белки этой бактерии |
| - | name:"ATP synthase" | 177936 | 7488 | 170448 | Все белки бета-лакзамазы |
| Oceanobacillus iheyensis | organism:"Oceanobacillus iheyensis" AND name:"ATP synthase" | 13 | 8 | 5 | белки - компоненты АТФ-синтазы |
| Oceanobacillus picturae | organism:"Oceanobacillus picturae" AND name:"ATP synthase" | 4 | 0 | 4 | белки - компоненты АТФ-синтазы Oceanobacillus picturae |
| Entry | Entry name | Protein names | Gene names | Organism | Length |
| Q8EM77 | ATP6_OCEIH | ATP synthase subunit a | atpB OB2981 | Oceanobacillus iheyensis (strain DSM 14371 / JCM 11309 / KCTC 3954 / HTE831) | 240 |
| Q8EM81 | ATPA_OCEIH | ATP synthase subunit alpha | atpA OB2977 | Oceanobacillus iheyensis (strain DSM 14371 / JCM 11309 / KCTC 3954 / HTE831) | 503 |
| Q8EM83 | ATPB_OCEIH | ATP synthase subunit beta | atpD OB2975 | Oceanobacillus iheyensis (strain DSM 14371 / JCM 11309 / KCTC 3954 / HTE831) | 464 |
| Q8EM80 | ATPD_OCEIH | ATP synthase subunit delta | atpH OB2978 | Oceanobacillus iheyensis (strain DSM 14371 / JCM 11309 / KCTC 3954 / HTE831) | 181 |
| Q8EM84 | ATPE_OCEIH | ATP synthase epsilon chain | atpC OB2974 | Oceanobacillus iheyensis (strain DSM 14371 / JCM 11309 / KCTC 3954 / HTE831) | 131 |
| Q8EM79 | ATPF_OCEIH | ATP synthase subunit b | atpF OB2979 | Oceanobacillus iheyensis (strain DSM 14371 / JCM 11309 / KCTC 3954 / HTE831) | 175 |
| Q8EM82 | ATPG_OCEIH | ATP synthase gamma chain | atpG OB2976 | Oceanobacillus iheyensis (strain DSM 14371 / JCM 11309 / KCTC 3954 / HTE831) | 286 |
| Q8EM78 | ATPL_OCEIH | ATP synthase subunit c | atpE OB2980 | Oceanobacillus iheyensis (strain DSM 14371 / JCM 11309 / KCTC 3954 / HTE831) | 68 |
| Q8EQY0 | Q8EQY0_OCEIH | Flagellar-specific H(+)-transporting ATP synt... | fliI OB1558 | Oceanobacillus iheyensis (strain DSM 14371 / JCM 11309 / KCTC 3954 / HTE831) | 439 |
| Q8ERB8 | Q8ERB8_OCEIH | Na(+)-transporting ATP synthase | OB1388 | Oceanobacillus iheyensis (strain DSM 14371 / JCM 11309 / KCTC 3954 / HTE831) | 455 |
| Q8EQN0 | Q8EQN0_OCEIH | Na(+)-transporting ATP synthase (Divided with... | OB1664 | Oceanobacillus iheyensis (strain DSM 14371 / JCM 11309 / KCTC 3954 / HTE831) | 289 |
| Q8EM76 | Q8EM76_OCEIH | H(+)-transporting ATP synthase i chain | atpI OB2982 | Oceanobacillus iheyensis (strain DSM 14371 / JCM 11309 / KCTC 3954 / HTE831) | 129 |
| Q8EQN1 | Q8EQN1_OCEIH | Na(+)-transporting ATP synthase (Divided with... | OB1663 | Oceanobacillus iheyensis (strain DSM 14371 / JCM 11309 / KCTC 3954 / HTE831) | 170 |
Аналогичная работа была проведена для другой бактерии - Oceanobacillus picturae. Запрос в базу данных Uniprot можно увидеть в таблице 1, а результат запроса в таблице 3. Как видно из таблице 1, для этой бактерии, в отличие от Oceanobacillus iheyensis все белки относятся к базе данных TrEMBBL. Также для этой бактерии все белки по ключу protein existence относятся к "predicted". Скачать файл в формате .fasta с последовательностями этих белков можно тут.
Таблица 3. Результаты поиска белков - компонентов АТФ-синтазы в бактерии Oceanobacillus picturae.| Entry | Entry name | Protein names | Gene names | Organism | Length |
| W9AQD0 | W9AQD0_9BACI | ATP synthase I chain | BN988_03643 | Oceanobacillus picturae | 122 |
| W9A902 | W9A902_9BACI | Putative ATP synthase YscN | yscN BN988_00691 | Oceanobacillus picturae | 438 |
| W9AQC5 | W9AQC5_9BACI | ATP synthase subunit alpha | atpA BN988_03638 | Oceanobacillus picturae | 502 |
| W9BFF0 | W9BFF0_9BACI | ATP synthase subunit beta | atpD BN988_03636 | Oceanobacillus picturae | 469 |
Далее был проведён поиск гомолого γ-субъединицы АТФ-синтазы. Получен он использованием BLAST. Автоматически был сформирован запрос, котоырй сожержал в себе название и аминокислотную последовательность белка. Результат можно увидеть на рисунке 1. Из них я выбрал 11 последовательностей (первая - сама последовательность), информация о них представлена в таблице 4. Скачать последовательности этих белков в формате .fasta можно тут.
Рисунок 1. Результаты поиска гомологов γ-субъединицы АТФ-синтазы бактерии Oceanobacillus iheyensis
Таблица 4. Белки - гомологи γ-субъединицы АТФ-синтазы бактерии Oceanobacillus iheyensis
| Entry | Entry name | Protein names | Organism | Length | Identity | Score | E-value | Gene names |
| Q8EM82 | ATPG_OCEIH | ATP synthase gamma chain | Oceanobacillus iheyensis (strain DSM 14371 / JCM 11309 / KCTC 3954 / HTE831) | 286 | 100.0% | 1,426 | 0.0 | atpG OB2976 |
| T0JB42 | T0JB42_9BACI | ATP synthase gamma chain | Virgibacillus sp. CM-4 | 286 | 71.0% | 1,07 | 3.0*10-143 | atpGM948_06330 |
| L5NG33 | L5NG33_9BACI | ATP synthase gamma chain | Halobacillus sp. BAB-2008 | 287 | 68.0% | 1,006 | 1.0*10-133 | atpG |
| R0NXQ4 | R0NXQ4_BACAT | ATP synthase gamma chain | Bacillus atrophaeus UCMB-5137 | 286 | 65.0% | 965 | 2.0*10-127 | atpGD068_38970 |
| I4XHD6 | I4XHD6_BACAT | ATP synthase gamma chain | Bacillus atrophaeus C89 | 286 | 65.0% | 965 | 2.0*10-127 | atpG UY9_08475 |
| K2GAM3 | K2GAM3_9BACI | ATP synthase gamma chain | Salimicrobium sp. MJ3 | 289 | 65.0% | 959 | 2.0*10-126 | atpG MJ3_08561 |
| U5LGL9 | U5LGL9_9BACI | ATP synthase gamma chain | Bacillus infantis NRRL B-14911 | 286 | 66.0% | 954 | 1.0*10-125 | atpGN288_23700 |
| W4VGI4 | W4VGI4_9BACI | ATP synthase gamma chain | Gracilibacillus boraciitolerans JCM 21714 | 287 | 63.0% | 951 | 3.0*10-125 | atpGJCM21714_1504 |
| D5N045 | D5N045_BACPN | ATP synthase gamma chain | Bacillus subtilis subsp. spizizenii ATCC 6633 | 287 | 63.0% | 950 | 4.0*10-125 | atpGBSU6633_09456 |
| P20602 | ATPG_BACMQ | ATP synthase gamma chain | Bacillus megaterium (strain ATCC 12872 / QMB1551) | 285 | 65.0% | 946 | 2.0*10-124 | atpG BMQ_5149 |
| V9RM61 | V9RM61_BACAM | ATP synthase gamma chain | Bacillus amyloliquefaciens LFB112 | 287 | 63.0% | 946 | 2.0*10-124 | atpGU722_18250 |
Далее я проделал задание, аналогичное первому, но в базе данных NCBI. Сформированный запрос и его результаты показаны на рсиунке 2.
Рисунок 2. Запрос для поиска белков, составляющих АТФ-синтазу в бектерии Oceanobacillus iheyensis и результаты поиска в базе данных NCBI.
Всего для бактерии Oceanobacillus iheyensis в базе данных Uniprot есть 3492 записи. из них к базе данных Swissprot относится 552 белка, а 2940 к базе данных TrEMBL. Из всех этих белков по ключу protein existence[PE] к различным категориям принадлежит следующее число белков:
- evidence at protein level - 4
- evidence at transcript level - 0
- inferred from homology - 1067
- predicted - 2421
- uncertain - 0
По этим данным видно, что бактерии плохо изучена на молекулярном уровне. Большинство белков либо выведены из гомологии или предсказаны. А белков, чьбё существование доказано именно наличием самого белка только 4.