BLAST и E-value

1. 10 последовательностей гомологичных белков, обнаруженных BLAST

Краткая информация

AC	RecName	Coverage, %	Identity, %	E-value	Homology
AMW32606	metal-dependent hydrolase [Fervidobacterium islandicum]	—	—	—	—
A7HKQ7	UPF0173 metal-dependent hydrolase Fnod_0635	98	81	1e-139	✔
B7GGS0	UPF0173 metal-dependent hydrolase Aflv_0488	99	50	6e-71	✔
B1YIR0	UPF0173 metal-dependent hydrolase Exig_1934	99	45	1e-60	✔
A4WJ29	UPF0173 metal-dependent hydrolase Pars_0810	99	38	9e-50	✔
B8IL50	UPF0173 metal-dependent hydrolase Mnod_3315	98	34	8у-41	✔
B5ZMI8	UPF0173 metal-dependent hydrolase Rleg2_1519	98	34	4e-30	✔
Q18EZ9	UPF0173 metal-dependent hydrolase HQ_3368A	91	34	5e-23	✔
Q57GK0	Probable L-ascorbate-6-phosphate lactonase UlaG	88	22	0,007	✘
Q58142	Uncharacterized protein MJ0732	78	23	5,0	✘

Выравнивание 10 последовательностей белков JalView с блоками

Ссылка на JalView проект с выравниванием.
Согласно заданию, при помощи программы BLAST было выбрано 9 гомологичных последовательностей, 2 из которых с большим E-value. Для первых семи последовательностей и входящей было найдено несколько коротких блоков, что является аргументом в пользу гомологичности этих белков. Для белков с меньшим Е характерно наличие большего числа блоков. Для последних двух последовательностей было снижено число абсолютно консервативных позиций. С учётом этого допущения было найдено 2, либо 3 (в зависимости от последовательности) небольших блока с неоправданными заменами. Вывод: последние 2 последовательности (с E-value 0,007 и 5,0) не гомологичны входной последовательности. Названия дают намёки на гомологию первых 7 последовательностей, но не последних двух.

2. Перестановка доменов

1) Cro/Cl family transcriptional regulator (Z9JT31)
2) Helix-turn-helix domain protein (F6CLM1)
Эти последовательности были выбраны следующим образом:
В базе данных Pfam было взято семейство HTH-3 (helix-turn-helix), из него выбраны последовательность с 1 HTH-3 и с 3 HTH-3, чтобы изучить трипликацию. HTH-3 имеет длинну в 55 аминокислот. Эти данные получены из Pfam.

А эти результаты получены при помощи BLAST:

Expect threshold = 1 (Сначала попробовал 1e-05, ничего не нашёл)
Word size = 2

1) Z9JT31 (1-59): ABCDEF
2) F6CLM1 (1-186): ABCDEFgDEhBiCD
Согласно построениям BLAST, произошла не простая трипликация HTH-3, а нечто более интересное. Сначала последовательности полностью совпадают(ABCDEF), затем следует участок g. Далее находится дуплицированный участок (DE). После него участок h. И в самом конце стоит дуплицированный участок (BCD), в котором произошла вставка небольшого участка i. Таким образом, в наличии два примера дупликации (а участок D по факту является примером трипликации) и одна вставка. Вероятно в ходе эволюции появилась необходимость в большем колисчестве отдельных фрагментов HTH-3. Источники:
NCBI
Pfam

основная страница семестра 2