В данном белке программой CLuD было обнаружено 8 гидрофобных ядер,
одно большое, размером в 1567 атомов (core1), остальные маленькие, имеющие не более 7 атомов. Всего белок имеет в своём составе 5534 атомов,
таким образом главное гидрофобное ядро занимает 28,32% от размера всей гидролазы.
2. Плотность упаковки атомов в гидрофобном ядре (core1)
В качестве исследуемого остатка был выбран фенилаланин (PHE160:A.CD1 #400). Первые атомы окружения появляются на расстоянии 2 ангстрем.
На расстоянии 4 ангстрем центральный фенилаланин почти неразличим, хотя увидеть его атомы можно даже после 7 ангстрем. Можно предположить,
что это характерное расстояние между ковалентно не связанными атомами. Ван-дер-ваальсов радиус атома кислорода составляет 1,4 ангстрем
(наименьший из представленных). Если принять воду за атом кислорода, то её диаметр составит 2,8 ангстрем, а расстояние между соседними
центрами атомов кислорода составит (1,4 + 2*1,4 + 1,4 = 5,6 (А)), тогда как характерное расстояние составляет 4 А. Вывод: встраивание воды маловероятно.
Расстояние в ангстремах
Количество атомов (не считая PHE160:A)
1
0
2
2
3
6
4
25
5
53
6
96
7
142
3. Комплекс ДНК/белок (5KFD)
Белки играют огромную роль в живых организмах, в том числе они нередко встречаются в комплексе с ДНК. Это, например, гистоны, которые участвуют
в упаковке хроматина. Стоит отметить, что роль этих белков настолько высока, что часто мутации в них становятся летальными. Также
это могут быть белки, участвующие в процессах репликации, транскрипции, например, ДНК-полимераза. Данный участок двухцепочечной ДНК связан
с белком благодаря многочиленным водородным связям. Также был обнаружен пример стекинг-взаимодействия. Контакт между ДНК и белком проходит по
отрицательно заряженному сахаро-фосфатному остову.