A- и В- формы ДНК. Структура РНК

Задание 1)

Модели структур A-, B- и Z-формы ДНК, построенные с помощью инструментов пакета 3DNA:

Задание 2)

Упр.1) Изучить расположение атомов аденина относительно большой и малой бороздок. Красным отмечены атомы, обращёные в сторону большой бороздки, синим - в сторону малой. Чёрным отмечены атомы, распологающиеся примерно посередине.

В сторону большой бороздки обращены атомы C5, C6, N6, N7

В сторону малой бороздки обращены атомы C2, C4, N3, N9

Упр.2)

	А-Форма	В-Форма	Z-Форма
Тип спирали	Правая	Правая	Левая
Шаг спирали (A)	28.03	33.75	43.50
Число оснований на виток	11	10	12
Ширина большой бороздки (A)	16.81 (29:B - 14:A)	17.21 (29:B - 9:A)	15.17 (15:B - 6:A)
Ширина малой бороздки (A)	7.98 (29:B - 6:A)	11.69 (29:B - 16:A)	7.20 (15:B - 9:A)

Таблица 1

Задание 3)

Упр.1)

тРНК	α	β	γ	δ	ε	ζ	χ
A	-54.75	40.75	47.275	84.5375	-125.15	-51.6625	-108.425
U	-46.375	53.19166667	64.78333333	88.03333333	-128.525	-44.25	-158.925
G	-11.905	0.92	15.145	84.845	-128.695	-58.705	-90.535
C	-43.28125	98.56875	36.0375	84.2375	-151.2125	-61.3875	-161.6625
Всего	-34.37678571	45.71071429	36.34107143	85.31071429	-134.5857143	-55.36785714	-128.0678571

Таблица 2

ДНК	α	β	γ	δ	ε	ζ	χ
A	-84.12857143	53.72857143	71.58571429	86.45714286	-73.07142857	-62.18571429	-146.9857143
T	-17.31428571	68.71428571	107.2428571	87.25714286	-64.91428571	-83.2	-160.0714286
G	-14.2625	93.4625	89.9	88.425	-85.0375	-69.8625	-62.55
C	95.05	-151.2375	56.4875	87.925	-136	-79.4	-156.725
Всего	2.519354839	7.919354839	83.67419355	87.38064516	-91.14	-73.72666667	-131.0774194

Таблица 3

I цепь тРКН: 12G (по 2 углам), 11G, 24C, 28G, 29G (по 1 углу)
II цепь тРНК: 15 U (по 1 углу)
I цепь ДНК: 7C, 13C, 15A, 16T (по 1 углу)

II цепь ДНК: 9G, 10A, 16A (по 1 углу)

Упр.2)

            Strand I                    Strand II          Helix

   1   (0.003) ....>T:...1_:[..G]G-----C[..C]:..72_:T<.... (0.003)     |
   2   (0.008) ....>T:...2_:[..G]G-----C[..C]:..71_:T<.... (0.005)     |
   3   (0.007) ....>T:...3_:[..G]G-----C[..C]:..70_:T<.... (0.004)     |
   4   (0.009) ....>T:...4_:[..C]C-----G[..G]:..69_:T<.... (0.007)     |
   5   (0.007) ....>T:...5_:[..U]U-*---G[..G]:..68_:T<.... (0.009)     |
   6   (0.006) ....>T:...6_:[..U]U-----A[..A]:..67_:T<.... (0.004)     |
   7   (0.008) ....>T:...7_:[..G]G-----C[..C]:..66_:T<.... (0.002)     |

   8   (0.006) ....>T:..49_:[..G]G-*---U[..U]:..65_:T<.... (0.005)     |
   9   (0.005) ....>T:..50_:[..G]G-----C[..C]:..64_:T<.... (0.002)     |
  10   (0.003) ....>T:..51_:[..U]U-----A[..A]:..63_:T<.... (0.001)     |
  11   (0.004) ....>T:..52_:[..G]G-----C[..C]:..62_:T<.... (0.004)     |
  12   (0.007) ....>T:..53_:[..G]G-----C[..C]:..61_:T<.... (0.002)     |

  16   (0.013) ....>T:..38_:[..A]A-**--C[..C]:..32_:T<.... (0.003)     |
  17   (0.012) ....>T:..39_:[..G]G-----C[..C]:..31_:T<.... (0.007)     |
  18   (0.004) ....>T:..40_:[..G]G-----C[..C]:..30_:T<.... (0.004)     |
  19   (0.004) ....>T:..41_:[..G]G-----C[..C]:..29_:T<.... (0.009)     |
  20   (0.007) ....>T:..42_:[..U]U-----A[..A]:..28_:T<.... (0.008)     |
  21   (0.007) ....>T:..43_:[..G]G-----C[..C]:..27_:T<.... (0.005)     |
  22   (0.009) ....>T:..44_:[..A]A-**--G[..G]:..26_:T<.... (0.011)     |

  23   (0.005) ....>T:..10_:[..G]G-----C[..C]:..25_:T<.... (0.005)     |
  24   (0.005) ....>T:..11_:[..C]C-----G[..G]:..24_:T<.... (0.010)     |
  25   (0.004) ....>T:..12_:[..U]U-----A[..A]:..23_:T<.... (0.008)     |
  26   (0.006) ....>T:..13_:[..C]C-----G[..G]:..22_:T<.... (0.004)     |

            Strand I                    Strand II          Helix
   5   (0.007) ....>T:...5_:[..U]U-*---G[..G]:..68_:T<.... (0.009)     |
   8   (0.006) ....>T:..49_:[..G]G-*---U[..U]:..65_:T<.... (0.005)     |
  13   (0.005) ....>T:..54_:[..U]U-**--A[..A]:..58_:T<.... (0.007)     |
  14   (0.008) ....>T:..55_:[..U]U-**+-G[..G]:..18_:T<.... (0.011)     x
  15   (0.011) ....>T:..36_:[..U]U-**+-U[..U]:..33_:T<.... (0.005)     |
  16   (0.013) ....>T:..38_:[..A]A-**--C[..C]:..32_:T<.... (0.003)     |
  22   (0.009) ....>T:..44_:[..A]A-**--G[..G]:..26_:T<.... (0.011)     |
  27   (0.003) ....>T:..14_:[..A]A-**--U[..U]:...8_:T<.... (0.007)     |
  28   (0.006) ....>T:..15_:[..G]G-**+-C[..C]:..48_:T<.... (0.008)     x
  29   (0.005) ....>T:..16_:[..G]G-**--U[..U]:..17_:T<.... (0.003)     +

            Strand I                    Strand II          Helix
  13   (0.005) ....>T:..54_:[..U]U-**--A[..A]:..58_:T<.... (0.007)     |
  14   (0.008) ....>T:..55_:[..U]U-**+-G[..G]:..18_:T<.... (0.011)     x
  15   (0.011) ....>T:..36_:[..U]U-**+-U[..U]:..33_:T<.... (0.005)     |
  27   (0.003) ....>T:..14_:[..A]A-**--U[..U]:...8_:T<.... (0.007)     |
  28   (0.006) ....>T:..15_:[..G]G-**+-C[..C]:..48_:T<.... (0.008)     x
  29   (0.005) ....>T:..16_:[..G]G-**--U[..U]:..17_:T<.... (0.003)     +
  30   (0.008) ....>T:..19_:[..G]G-----C[..C]:..56_:T<.... (0.004)     +

Источники:

Exel

тРНК (1qu2)

ДНК (1efa)

основная страница семестра 3