Банки нуклеотидных последовательностей


Упр.1)Охарактеризуйте качество сборки генома эукариотического организма
организм: название и описание: Mycobacterium bovis Bz 31150 adPbT-supercont1.1.C1
Технология секвенирования: Illumina
Покрытие: 24.0x
Число контигов: 141
N50: 60587
L50: 22
адрес таблицы контигом: таблица
Число скэффолдов: 136
адрес последовательности одного контига: адрес
Упр.2)Опишите семь ключей, используемых в таблицах особенностей
1)CDS: Coding DNA Sequence - белок-кодирующая последовательность ДНК
2)rep_origin: Точка начала репликации бактериальной хромосомы или плазмиды
3)mat_peptide: Пептид- или белок-кодирующая последовательность
4)repeat_region: Участок генома, содержащий повторяющиеся последовательности
5)operon: Область генома, содержащая кластер генов, контролируемых единым набором регуляторных последовательностей (опероном)
6)tRNA: Транспортная РНК
7)exon: Участки генома, кодирующие части прошедших сплайсинг мРНК/тРНК/рРНК
Упр.3)Опишите состояние дел в одном из массовых геномных проектов
Проект: название; цель: The 100,000 Genomes Project. Цели: секвенировать 100,000 геномов у людей с редкими генетическими заболеваниями и людей больных раком, а также у их родственников; сделать возможным выявление подобных заболеваний у пациентов, на основе собранной информации.
Что секвенируют: Геномы
Проект:Организация/страна; год начала; планируемое число единиц; планируемый год завершения: Организация: Genomics England; год начала: 2013; планируемое число единиц - 100,000 геномов; планируемый год завершения - 2018
число секвенированых единиц на 2017 год: 36083
ссылка на источник сведений: ссылка
Упр.4)Составьте таблицу митохондриальных генов одного из организмов указаного таксона
Организм: Vulpes zerda
запрос к Refseq: "complete genome"[Title] OR "complete sequence"[Title] AND "Vulpes zerda"[Organism] AND "mitochondrion"[Title] AND RefSeq[Keyword]
Число находок: 1
AC выбранной записи: NC_023459
Число п.н. в митохондриальном геноме: 16683
Число генов белков: 13
Число генов РНК: 24

Источники:
[1] Презентация к 7 занятию.
адрес таблицы контигом
адрес последовательности одного контига
ссылка на источник сведений
© Матвеев Андрей, 2017 AD