Нуклеотидный blast

Упр.1)Определите таксономию и функцию прочтенной вами нуклеотидной последовательности
Ссылка на нуклеотидную последовательность: Fasta
Организм удалось определить с точностью до: Род 50%, отряд 100%
Таксономия: название, описание (рус): Flabellina sp. - брюхоногий голожаберный моллюск, род Flabellina впервые введён в 1850, а в 2017 было глобальное исследование этого вида.
Таксономия: обоснование: Это был первый результат для всех (nblast и megablast) алгоритмов. Несколько первых десятков результатов относятся к двум родам одного отряда Nudibranchia. Max score 1081, Query cover 93%, E-value 0.0, Ident 99%.
Название, описание последовательности: Митохондриальный ген, кодирующий 1 субъединицу цитохром оксидазы

blastn

megablast

discontiguous megablast
Упр.2)Сравните списки находок нуклеотидной последовательности 3-я разными алгоритмами blast
e-value=1e-200 Таксон: Nudibranchia (taxid:70849), exclude: Flabellina (taxid:71484), exclude Coryphella (taxid:2059234)
megablast: длина 32, найдено 14 megablast
discontiguous megablast: длина 12, найдено 52 discontiguous megablast
blastn: длина 15, найдено 52 blastn
не найден megablast Occidenthella
megablast использует значительно более длинные слова для поиска (по умолчанию 28 против 11 у других алгоритмов). Из-за этого результаты отличаются.
Упр.3)Проверьте наличие гомологов трех белков в геноме одного организмов
TERT_SCHPO - теломераза,восстанавливающая длину хромосомы при репликации; имеется у большинства (но не всех) эукариот (случайное сходство) tblastn -query TERT_SCHPO.fasta -db X5.fasta > tert.table -outfmt 7 Выровнялась лишь четверть длины белка, что слишком мало для неслучайного совпадения, кроме того нет крупных консервативных участков, это случайное совпадение. (excel)
HIS31_HUMAN - гистон H3, белок, участвующий в образовании нуклеосомы (ортолог) tblastn -query HIS31_HUMAN.fasta -db X5.fasta > his31.table -outfmt 7 Лучшее выравнивание из трёх, по всем параметрам ортолог. (excel)
TBB_NEUCR - тубулин, белок, участвующий в образовании микротрубочек (ортолог) tblastn -query TBB_NEUCR.fasta -db X5.fasta > tbb.table -outfmt 7 Значения не очень хорошие, но после анализа найдена вставка из 22 аминокислот, которая "портила картину". Если рассматривать её как мутацию, предположительно не нарушившую функцию, то перед нами ортолог. (excel)
Упр.4)Найдите один ген белка, закодированный в одном скэффолде ''Amoeboaphelidium protococcarum''
Scaffold-6, 53904 blastx, nr 40004-42370, положительная ориентация
Все находки BLAST в данном месте имеют сходные границы, длины и одинаковую функцию, этот участок кодирует S-метилтрансферазу или кобаламин-независимую метионин синтазу.
Источники:
[1] Презентация к 8 занятию.

основная страница семестра 3