Гомология и выравнивание
Для выполнения практикума из базы Pfam был выбран белковый домен с идентификатором Arrestin_N, AC - PF00339, Summary name - Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain
| Таблица 11-3 | Информация | Комментарии |
|---|---|---|
| Выравнивание seed | Число последовательностей: 22 Число колонок: 189 |
|
| МДБ-all | Колонки: 114-124 | Блок достоверный, тк отсутсвуют гэпы, и крайние колонки (в нашем случае 114 и 124) консервативны. Расширение блока невозможно без потери достоверности. |
| МДБ-All 100% консервативные колонки | 114:G ; 119:P ; 120:F ; 124:LIVF | |
| МДБ-notAll | Колонки:144-162 Последовательности: 1-11 |
100% консервативные колонки в МДБ-notAll | 144:E ; 145:G ; 148:G ; 152:Y ; 154:VICA ; 156:AV ; 158:LCVI ; 160:R ; 161:P ; 162:W | Участок выравнивания, не отражающий ход эволюции. | 96-108 | Нет никаких достоверных подблоков (много гэпов, нет консервативных участков), выравнивание на этом участке вряд ли отражает ход эволюции |
Ниже прикреплен файл Jalview с тремя видами выравнивания:
1) Максимальный блок достоверного выравнивания,включающий фрагменты из всех последовательностей.
2) Блок, включающий фрагменты не из всех последовательностей.
3) Участок выравнивания, на котором нет оснований считать, что выравнивание отражает ход эволюции.