Для выполнения работы практикума 11 был выбран домен Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain, он относится к клану Arrestin_N-like. В таблице 12-1 представлена информация о семействе, выбранного домена.
Таблица12-1. Описание семейства доментов
Информация
Комментарии
AC pfam
PF00339
ID pfam
Arrestin_N
SEED
22
All
29 тыс.
Все белки с доменом семейства
SW
99
Все белки с доменном в Swissprot
architectures
339
3D
83
Taxonomy
eukaryota
29 тыс.
archaea
163
bacteria
107
Семейства в этом клане выполняют три различные функции:
- участвуют в транспортировке вакуолярных белков (помогают переносить белки внутрь вакуолей)
- подавляют сигналы G-белков (G-белки передают сигналы от рецепторов, например, гормональные команды. Белки клана Arstin_N могут выключать эти сигналы, чтобы клетка не перевозбуждалась)
- спорообразование
Аррестины участвуют в эндоцитозе рецепторов: после активации рецептора белки прикрепляются к нему и помогают "затянуть" его внутрь клетки, чтобы сигнал прекратился; Аррестины также могут передавать сигналы альтернативными способами, даже после "выключения" рецептора.
В одной из статей, посвященной белкам клана Аrrstin_N, содержатся доводы о том, что такие белки, как рецепторные киназы, связанные с G-белком (GRK), и бета-аррестины являются важными регуляторами эндоцитарного процесса [1].
Карта локального сходства
На Pfam странице домена открыли список архитектур и выбрали две архитектуры белков, содержащих домен. Информация о последовательностях представленна в таблице 12-2
В д.а. 2: PF00168 (6-95), PF00339 (188-317), PF02752 (338-461).
Рис.2 Доменная архитектура 2
C помощью BLAST создали карту локального сходства (рис.3).
Рис.3 Карта локального сходства (dotplot)
На основании координат карты dotplot можно сделать следующий вывод: домены в белках Q54CH1 и Q86KB1 сохраняют консервативные участки; видно, что в белках произошли небольшие изменения, например, транслокация, делеция, но они не привели к сильной дивергенции доменов.
Наличие FYVE-домена (PF01363) предполагает роль в связывании фосфоинозитидов и участии в мембранном транспорте, а наличие C2-домена (PF00168) характерно для белков, взаимодействующих с кальцием и фосфолипидами. Комбинация Arrestin + FYVE (белок Q54CH1) предполагает участие в эндоцитозе или сортировке везикул. А Arrestin + C2 (белок Q86KB1) указывает возможное участие в экзоцитозе/синаптической передаче. Проявляется некое функциональное сходство белков с общим доменом.
