Практикум 7. UniProt. CRISPR-associated endonuclease Cas9

Выбор белка

В поле было введено название бактерии Actinomyces faecalis, но поиск UniProtKB не выдал никаких результатов, то есть аннотированные белки отсутствуют. Выберем бактерию того же рода Actinomyces naeslundii. Ввели ее название в поиск и выбрали белок CRISPR-associated endonuclease Cas9. Белок интересен своей функцией: это ключевой белок системы CRISPR-Cas, выполняющий функцию программируемой ДНК-эндонуклеазы. Он широко используется в геномном редактировании благодаря способности точно разрезать двуцепочечную ДНК в заданном месте под направляющим действием гидовой РНК (gRNA).

Информация о белке

Название: CRISPR-ассоциированная эндонуклеаза Cas9

Ген, кодирующий белок - cas9

Функция: адаптивная иммунная система, которая обеспечивает защиту от CC мобильных генетических элементов (вирусов, транспозируемых элементов и конъюгативных CC плазмид).

Кластеры похожих белков

UniRef50 Кластер содержит 30 членов из разных штаммов Actinomyces (A. naeslundii, A. oris, A. ruminicola и др.). Это указывает на широкое распространение Cas9 среди актинобактерий рода Actinomyces.

UniRef90 Всего 6 членов, то есть высокая идентичность (≥90%) сохраняется только у близкородственных видов

UniRef1002 члена, почти идентичные белки есть лишь у одного штамма A. naeslundii и его прямых вариантов.

Во всех кластерах указана одинаковая длина (1,101 а.о.), следовательно, основная структура белка стабильна.

Поисковые запросы

(protein_name:CRISPR-associated endonuclease Cas9) AND (reviewed:true) Выводит все белки с точным названием "CRISPR-associated endonuclease Cas9" и только из базы Swiss-Prot (18 результатов)

cc_function:"endonuclease activity" AND organism_name:"Actinomyces" Выводит список (129 результатов) белков с такой же функцией (как у Cas9) у рода Actinomyces