Построение модели структур A-, B- и Z-формы ДНК

С помощью программы fiber пакета 3DNA были построены A-, B- и Z-формы дуплекса ДНК, последовательность одной из нитей которого представляет собой последовательность "gatcgatcgatcgatcgatc".

A-DNA
B-DNA
Z-DNA

Полученные файлы в формате PDB были загружены в PyMOL для визуализации структуры.

Рис.1 Форма А-ДНК
Рис.2 Форма В-ДНК
Рис.3 Форма Z-ДНК

Сравнение структур

Для сравнения была взята модельная структура Z-ДНК (см. рис. 4) и экспериментальная структура 3V9D из базы PDB (рис. 5). Обе структуры относятся к Z-форме ДНК и имеют левозакрученную спираль с зигзагообразным остовом. В структуре GATC*5 витки длиннее и равномерные, а в экспериментальной структуре 3V9D спираль более компактная, короче по шагу и дополнительно содержит видимый элемент (молекула воды (HOH)), стабилизирующий структуру.

Рис.4 Сгенерированная нами цепь GATC*5 А-ДНК
Рис.5 Экспериментальная структура 3V9D А-ДНК

Поиск бороздок

Рис.6 Большая и малая бороздки на Z-ДНК
Рис.7 Тимин
Таблица 1. Характеристика структур
Форма Тип спирали Шаг спирали (А) Число оснований на виток Ширина большой бороздки Ширина малой бороздки
А-форма правая 28 11 17.0 8.0
В-форма правая 33 10 17.9 13.2
Z-форма левая 43.5 12 23.5 8.7

Исследование тРНК

Выдача find_pair

Координаты стеблей:

2..7 - 71..66
49..53 - 65..61
37..43 - 33..27
10..12 - 25..23

В тРНК 1GTR также найдены неканониические пары оснований:

U54 - A58
U55 - G18
A37 - U33
U38 - U32
C44 - A26
A13 - A45
A14 - A21
G15 - C48