Последовательности нуклеиновых кислот

Секвенирование по Сэнгеру. Хроматограмма

Для восстановления последовательности ДНК в образце необходимо дополнительно вручную проанализировать (так как программное оборудование допускает некоторые ошибки) полученную после секвенирования хроматограмму.

Для анализа и выполнения задания практикума №6 нам была выдана хроматограмма 24_F.

Длина хроматограммы 717 нуклеотидов

Начальный участок (0-24 нуклеотидов) и конечный (687-717 нуклеотидов) выделены светло-желтым цветом, что соответсвует низкому качеству и трудно читаемым участкам.

Уровень шума в среднем достаточно низкий, особенно в середине хроматограммы. Высокий уровень наблюдается лишь в некоторых коротких участках, например: 78-88.

Шума почти нет: 129-147.

Шум мешает интерпретации сигнала: 699-710.

Шум есть, но не мешает интерпретации сигнала: 674-686.

№	Координаты проблемного участка	Причина	Решение	Фотография
1	1-18	Начальный участок, высокий шум, большое количество NNN	Удалить фрагмент из анализа
2	20-24	Смешение цветов, наложение пиков	Поставить N
3	119 ???????	Слабый сигнал (возможно неполная амплификация)	Удалить нуклеотид
4	78-79	Слишком высокий пик, частичное перекрывание со следующим	Поставить N
5	687	Наложение пиков	Поставить N/воспользоваться расширенным алфавитом (С/Т можно заменить на Y)