Работа с плазмидами

Информация о плазмидах

Плазмиды — небольшие молекулы ДНК, физически отдельные от геномных хромосом и способные реплицироваться автономно. Как правило, плазмиды встречаются у бактерий и представляют собой двухцепочечные кольцевые молекулы, но изредка плазмиды встречаются также у архей и эукариот. В природе плазмиды обычно содержат гены, повышающие устойчивость бактерии к неблагоприятным внешним факторам (в т. ч. устойчивость к антибиотикам), нередко они могут передаваться от одной бактерии к другой (иногда даже к бактерии другого вида) и, таким образом, служат средством горизонтального переноса генов. Размер плазмид варьирует от 1 до свыше 1000 тысяч пар оснований. Количество идентичных плазмид в пределах одной клетки изменяется от одной до тысяч в зависимости от дополнительных обстоятельств.


Функции плазмид в клетке различных организмов чрезвычайно разнообразны. К ним относят:
  • перенос генетического материала при конъюгации
  • контроль синтеза белков, летальных для других бактерий
  • синтез гемолизинов
  • устойчивость к тяжёлым металлам
  • устойчивость к антибиотикам
  • синтез энтеротоксинов
  • устойчивость к УФ-излучению
  • синтез антигенов, обеспечивающих адгезию на клетках в организме человека и животных
  • система рестрикции-модификации
  • расщепление камфоры, ксилола, салицилата

Плазмиды широко используются в генной инженерии для переноса генетической информации и генетических манипуляций. Для этого создаются искусственные плазмиды — векторы, состоящие из частей, взятых из разных генетических источников, а также из искусственно созданных фрагментов ДНК [1].

Анализ таблицы

Анализ данных таблицы Plasmids позволяет получить информацию о средней длине изучаемых плазмид, медиане их длин, максимальной и минимальной длине. Средняя длина составляет 87,547 Kb, медиана – 30,697 Kb, максимальная длина плазмиды – 2580,08 Kb, минимальная – 0,537 Kb. Для рода Clostridium, к которому принадлежит моя бактерия, известно 96 плазмид, в частности 24 – для вида perfringens [1].

Извлечение названия рода

Чтобы извлечь название рода, я скопировала столбец #Organism/Name на отдельный лист, заменила все “Candidatus “на пустые строки, а строки, начинающиеся с символа, отличного от буквы, на прочерки (код первого символа проверялся с помощью функции UNICODE). После этого я разбила данные на два столбца, использовав пробел в качестве разделителя. В первом столбце оказались названия родов, во втором – видов.

Составление сводной таблицы

Во вкладке «Вставка» выбрала «Сводная таблица», во всплывающем окне указала необходимый диапазон данных (столбец “Genera” на листе “plasmids”). После появления меню сбоку выбрала поле для добавления в отчет, затем перетащила выбранное поле в область «Значения». Получила искомую сводную таблицу.

Источники