Изображение выравниваний
Мне было дано 6 идентификаторов Uniprot:
- I4C028_DESTA
- D3V4H4_XENBS
- E3HYT5_RHOVT
- V2VXE3_9GAMM
- F4LVQ3_TEPAE
- J7IPW5_DESMD
Последовательность с идентификатором E3HYT5_RHOVT очевидно отличалась от остальных. В ней было значительно больше гэпов, к тому же, был участок, где все последовательности, кроме этой, имели гэп. После удаления её из выравнивания число консервативных колонок возросло. Появились пустые колонки, которые я удалила. N- и C- концевые участки последовательностей оказались негомологичны, и их тоже пришлось удалить.
Изображение выравнивания в раскраске BLOSUM62 с порогом по консервативности 30% [1] |
---|
![]() |
Ссылки:
[1]. Данное выравнивание было получено не из файла, а прямой загрузкой данных из Uniprot по идентификаторам (File - Fetch sequences - Uniprot), так как это показалось мне более удобным.