Учебный сайт Карпухиной Анны

Информация о белке N-ацетилманозамин-6-фосфат 2-эпимераза из баз данных Uniprot и Refseq Protein

N-ацетилманозамин-6-фосфат 2-эпимераза
Uniprot ID	NANE_CLOPE
Uniprot AC	Q8XNZ3; O05726; Q9S4L0;
RefSeq ID	WP_003452659.1 - new; YP_694641.1 - old
PDB ID	4UTU; 4UTW
Длина	221 AA
Молекулярная масса	24153 Да
RecName (Full)	Putative N-acetylmannosamine-6-phosphate 2-epimerase
Статус	Reviewed

Дополнительная информация, полученная из файла Uniprot

• Структура известна для всего белка
• В файлах PDB она представлена двумя (4UTU) и четырьмя (4UTW) цепями.
• Данный белок является ферментом и имеет классификационный номер EC=5.1.3.9
• Альтернативное название - ManNAc-6-P epimerase
• Идентификатор нуклеотидной последовательности RefSeq - NC_003366.1
• Данный белок - изомераза, вовлечен в метаболизм углеводов. Преобразует N-ацетилманозамин-6-фосфат в N-ацетилглюкозамин-6-фосфат
• Ген, кодирующий данный белок - NanE
• Ген находится в локусе CPE0184
• Дата последней модификации записи - 11-NOV-2015
• Таксономическое положение объекта, из которого получен белок: Bacteria; Firmicutes; Clostridia; Clostridiales; Clostridiaceae; Clostridium.
• Запись имеет статус Reviewed

Кластеры Uniprot для белка N-ацетилманозамин-6-фосфат 2-эпимераза

Кластер	Описание	Идентификатор	Количество белков
UniRef100	Объединяет идентичные последовательности и суб-фрагменты с минимум 11 остатками из разных организмов.	UniRef100_Q0TUP9	7
UniRef90	Объединяет последовательности, минимум на 90% идентичные и на 80% перекрывающиеся с самой длинной последовательностью в кластере.	UniRef90_Q0TUP9	15
UniRef50	Объединяет последовательности, минимум на 50% идентичные и на 80% перекрывающиеся с самой длинной последовательностью в кластере.	UniRef50_Q0TUP9	73

Поиск в Uniprot

1. Поиск по рекомендованному названию

   Текст запроса: name:putative name:"n acetylmannosamine 6 phosphate" name:"2 epimerase". Количество найденных белков: 2653. Из них Reviewed (Swiss-Prot): 144.

2. Поиск по рекомендованному названию в рамках семейства

   Текст запроса: name:putative name:"n acetylmannosamine 6 phosphate" name:"2 epimerase" taxonomy:"Clostridiaceae [31979]". Количество найденных белков: 82. Из них Reviewed: 3.

3. Поиск по рекомендованному названию в рамках отдела

   Текст запроса: name:putative name:"n acetylmannosamine 6 phosphate" name:"2 epimerase" taxonomy:"Firmicutes [1239]". Количество найденных белков: 1196. Из них Reviewed: 66.

4. Поиск по названию "hemoglobin" в различных таксонах
   

   Таксон	Текст запроса	Total	Reviewed
   без ограничений	name:hemoglobin	8495	944
   Metazoa	name:hemoglobin taxonomy:"Metazoa [33208]"	3363	838
   Vertebrata	name:hemoglobin taxonomy:"Vertebrata [7742]"	2442	821
   Arthropoda	name:hemoglobin taxonomy:"Arthropoda [6656]"	745	0
   Viridiplantae	name:hemoglobin taxonomy:"Viridiplantae [33090]"	144	25
   Fungi	name:hemoglobin taxonomy:"Fungi [4751]"	46	5
   Phaeophyceae	name:hemoglobin taxonomy:"Phaeophyceae [2870]"	1	0
   Ciliophora	name:hemoglobin taxonomy:"Ciliophora [5878]"	10	3

   
   
5. Трипсин и его ингибиторы.

   Текст запроса: name:trypsin. Всего найдено 11309 белков, из них 301 Reviewed.
   Текст запроса: name:trypsin name:inhibitor - ингибиторы трипсина. Всего 2558, из них 203 Reviewed.

6. Сравнение записей RefSeq и Uniprot.

   В целом, можно заметить, что запись RefSeq гораздо менее подробна. В ней нет многой информации, описанной в статье Uniprot, например нет указаний на идентификаторы в других базах даных и PDB файлы, молекулярной массы, подробного описания функций. По-прежнему есть информация о таксономическом положении организма и сама последовательность белка. Также в RefSeq представлена информация о сайтах связывания и краткий технический комментарий к содержанию статьи.

7. История изменений записи Uniprot

   С помощью кнопки History я просмотрела историю изменения записи Uniprot для своего белка. Оказалось, что запись, с которой я работала, - 88 версия статьи, отредактированная 11 ноября 2015 года. Соответсвенно, существуют 87 устаревших версий, первая из которых была написана 1 марта 2002 года. При этом версия самой последовательности была только одна, и она не изменялась с момента первого создания статьи. С помощью кнопки Compare я сравнила самую первую и последнюю версии статьи. Оказалось, что за все время ее существования произошло 119 изменений (добавлений и удалений различных строк).

8. Дисульфидные связи в записях Uniprot.

   Информация о дисульфидных связях может быть найдена в разделе PTM/processing. В текстовом файле они обозначаются DISULFID и располагаются в строчке FT. Запись указывает позиции остатков цистеина, участвующих в связи. Если позиция одной из аминокислот, вовлеченных в связь, не известна, в соответсвующем поле может стоять вопросительный знак. Такое часто встречается во фрагментах, в которые не вошел один из остатков. (пример: P10846).
   
   В Uniprot аннотируются как экспериментально показанные, так и предсказанные дисульфидные связи. Предсказанные связи помечаются тэгом ‘By similarity’ (пример: Q865R3). Выделяют связи межцепочечные (пример: P25703) и внутрицепочечные (пример: Q43495). Некоторые дисульфидные связи формируют окислительно-восстановительный центр и напрямую участвуют в окислительно-восстановительных реакциях (пример: Q06530).

© Anna Karpukhina, 2016