Визуализация молекул в JMol
- N- ацетилманозамин-6-фосфат 2-эпимераза Clostridium perfringens, альфа-цепь (PDB ID: 4UTU)
Запустить скрипт: Продолжить выполнение:
1. Изображение в виде картонок с раскраской по цепям.
2. Изображение в виде картонок с раскраской по вторичной структуре.
3. Изображение в виде картонок и шаро-стержневая модель лиганда с
раскраской по химическим элементам.
4. Изображение белка в виде ван-дер-ваальсовых радиусов с раскраской по химическим элементам.
5. Изображение остова одной альфа-спирали с обозначением водородных связей.
6. Изображение двух бета-тяжей с обозначением водородных связей между ними.
| Параметры водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре | |||
|---|---|---|---|
| № | Имена атомов | Длина связи (Å) | Угол N-O-C (°) |
| Альфа-спирали | |||
| 1 | [ASP]218:A.N #1810 - [LYS]214:A.O #1768 | 2,80Å | 151,3° |
| 2 | [THR]217:A.N #1803 - [THR]213:A.O #1762 | 2,83Å | 163,6° |
| 3 | [PHE]216:A.N #1792 - [ILE]212:A.O #1754 | 3,19Å | 154,4° |
| 4 | [LYS]214:A.N #1766 - [GLN]210:A.O #1736 | 2,94Å | 148,4° |
| 5 | [ARG]215:A.N #1781 - [GLN]211:A.O #1745 | 3,06Å | 153,4° |
| 6 | [THR]213:A.N #1759 - [PRO]209:A.O #1729 | 2,84Å | 149,1° |
| 7 | [ILE]212:A.N #1751 - [ARG]208:A.O #1718 | 3,04Å | 159,2° |
| 8 | [GLN]211:A.N #1742 - [ARG]208:A.O #1718 | 2,90Å | 128,6° |
| Бета-тяжи | |||
| 1 | [SER]12:A.N #159 - [VAL]202:A.O #1683 | 2,93Å | 129,7° |
| 2 | [VAL]202:A.N #1680 - [ILE]10:A.O #147 | 3,02Å | 165,9° |
| 3 | [ILE]10:A.N #144 - [ALA]200:A.O #1671 | 2,92Å | 168,2° |
Анализ данных
Анализ выборки позволяет предположить, что типичные длины водородных связей
как в альфа-спиралях,так и в бета-тяжах, колеблются в интервале 2,8-3,2Å.
Медианы длин связей в спиралях и тяжах соответственно равны 2,92Å и 2,93Å,
среднее арифметическое значение в обоих случаях составляет 2,95Å.
Типичные величины углов водородных связей изменяются в интервале 128-169°.
Медиана в альфа-спиралях составляет 152,4°, в бета-тяжах - 165,9°,
средние арифметические значения составляют 151° и 155° соответственно.
Полученные мною данные достаточно хорошо согласуются с экспериментально
доказанными, согласно которым типичная длина водородных связей составляет
чуть менее 3А, а величина угла стремится к 180°, так как при этом достигается
наибольшая сила связи. Отличие наблюдаемой величины угла от идеальной объясняется
тем, что наиболее энергетически выгодная конфигурация не всегда достигается при наибольшей
силе водородных связей, что обусловлено взаимным влиянием других атомов в молекуле белка.