Структура водородных связей в канонических и теоретически возможных неканонических парах
Каноническая пара Т-А |
---|
![]() |
2 водородные связи. Наиболее часто встречающаяся пара. |
С помощью Marvin Sketch были получены графические изображения данных пар.
Очевидно, что наиболее вероятно образование канонической пары. Образование остальных рассмотренных пар кажется мне приблизительно в равной степени маловероятным в силу описанных ниже дестабилизирующих факторов.
Неканоническая пара T-G | Неканоническая пара T-C |
Неканоническая пара T-Т | Неканоническая пара T-U |
---|---|---|---|
![]() | ![]() |
![]() | ![]() |
2 водородные связи. Устойчивость такой пары, на мой взгдяд, невелика, так как основания в ней повернуты относительно своего типичного попложения и углы не являются оптимальными. К тому же выставленные "наружу" амино- и кетогруппы могут дестабилизировать молекулу нуклеиновой кислоты. | 2 водородные связи. Устойчивость предположительно низкая. Две пространственно близких кетогруппы дестабилизируют структуру. Пара состоит из двух пиримидиновых оснований и имеет меньшие размеры, чем стандартная пара пурин-пиримидин, что может нарушать нормальную конформацию молекулы ДНК. | 2 водородные связи. Стабильность относительно низкая из-за поворота оснований и дестабилизирующего
эффекта "торчащих" кетогрупп. Меньший размер пары по сравнению с каноническими, как и в случае
Т-С, нарушает регулярную структуру ДНК. |
2 водородные связи. Устойчивость сравнима с парой Т-Т - имеются те же дестабилизирующие
кетогруппы и проблемы с относительными размерами пары. |