Вторичная структура
 |
| Рисунок 1. 4qbu с раскраской по элементам вторичной структуры |
 |
| Рисунок 2. Выбранные для анализа элементы вторичной структуры в 4qbu6; β-тяж 1 - красный, β-тяж 2 - синий, α-спираль 1 - зеленый, α-спираль 2 - желтый |
 |
| Рисунок 3. Изолированные β-мостики в структуре 4qbu |
 |
| Рисунок 2. 3(10)-спираль в структуре 4qbu |
Выдача DSSP: dssp_4qbu.txt.
Выдача STRIDE: stride_4qbu.txt.
Для двух α-спиралей и двух β-тяжей было произведено сравнение границ элементов вторичной структуры, полученных программами, с границами, приведенными в заголовке PDB файла (Таблица 1). Выбранные элементы вторичной структуры изображены на рисунке 2.
| Таблица 1. Сравнение границ элементов вторичной структуры из PDB-файла 4KXQ с предсказаниями, полученными программами DSSP и Stride. | |||
| SSE | PDB | DSSP | Stride |
|---|---|---|---|
| β-тяж 1 | Gln12-ALa18 | Gln12-ALa18 | Gln12-ALa18 |
| β-тяж 2 | Ile95-Phe99 | Ile95-Phe99 | Ile95-Phe99 |
| α-спираль 1 | Pro235-Tyr250 | Glu236-Glu249 | Glu236-Glu249 |
| α-спираль 2 | Thr206-Ser222 | Leu207-Met221 | Leu207-Ser222 |
Совпадение предсказаний обеих программ с данными PDB оказалось достаточно точным. Для β-тяжей границы, определенные всеми тремя способами, полностью одинаковы. α-спирали, предсказанные DSSP и Stride, оказались на 1-2 граничных остатка короче, что не столь существенно.
Далее было интересно посмотреть, есть ли в нашем белке редкие элементы вторичной структуры (помимо β-тяжей, α-спиралей и петель). Были обнаружены 2 изолированных β-мостика и 2 коротких 3(10)-спирали. Предсказания Stride и DSSP совпали. Найденные SSE представлены в таблице 2.
| Таблица 2. Редкие элементы вторичной структуры в 4KXQ | ||
| SSE | Stride | DSSP |
|---|---|---|
| Изолированный β-мостик | Trp332 | Trp332 |
| Изолированный β-мостик | Val352 | Val352 |
| 3(10)-спираль | His299-Ile304 | His299-Ile304 |
| 3(10)-спираль | Gly391-Arg394 | Gly391-Arg394 |
На рисунке 4 цветом показаны 3(10)-спирали. По форме они выглядят чуть менее скрученными, чем типичные α-спирали, но в модели это заметно только при внимательном рассмотрении.
.