Автор : Дашкевич Анна
1 курс
Факультет биоинженерии и биоинформатики
Московский государственный университете имени М.В. Ломоносова
РЕЗЮМЕ
Работа представляет собой мини-обзор генома и протеома Nonlabens marinus S1-08,
который состоит из результатов анализа данных о геноме и его нуклеотидной состане,
проведенного базовыми методами биоинформатики.
Ключевые слова
Nonlabens marinus S1-08,геном, протеом, обзор
Введение
Nonlabens marinus S1-08 - бактерия, относящееся к классу Flavobacteriia[1].
Этот организм был выделен из морской воды Тихого океана. Бактерия имеет палочковидную форму, содержит оранжевый пигмент,а также грамотрицательна[2].
У грамотрицательных бактерий более тонкая стенка, чем у грамположительных бактерий,
также содержит меньше муреина, но она защищена внешней мембраной от проникновения различных соединений.
Благодаря этим свойствам в ходе реакции она обесцвечивается, и при добавлении красителя дает розовый или красный цвет.
Защитная стенка этих бактерий делает их устойчивыми к антителам, в отличии от грамположительных[4].Эта бактерия аэробна и содержит родопсин[2].
Это типовой штамм вида, и последовательность генома предоставляет информацию о жизненной стратегии фотогетеротрофной бактерии[3].
Материалы и методы
Данные были взяты из двух файлов: таблицы генов[5] и генома бактерии[6]. Анализ генома и основные вычисления были выполнены с помощью кодов, созданных на языке Python. Также для обработки полученных результатов и построения графиков были использованы Google таблицы.
Результаты
1. Общая характеристика генома
В моей бактерии Nonlabens marinus S1-08 кольцевая молекула ДНК содержит 2 906 046 нуклеотидов. GC - состав равен 39,64%. [7]
На основе данных из таблицы 1 можно сделать вывод, что правило Чаргаффа у этой бактерии выполнено.
2. Общая характеристика протеома
На основе таблицы генов[5] с помощью программы Google таблицы была составлена следующая таблица:
С помощью той же программы и таблицы генов [5] я вычислила число белков, закодированных на +/- цепях:
3. Гистограмма длин белков
С помощью программы Google таблицы создала гистограмму длин белков. Длина шага равна 30.
Можно заметить, что чаще всего встречаются белки длинной 120-300 нуклеотидов.
Заключение
В ходе работы над обзором были изучены некоторые свойства генома Nonlabens marinus S1-08. Более полного изучения свойств бактерии и ее генетического материала может раскрыть ученым ее полезные для биотехнологии свойства.
Список литературы и справочные материалы
1. Subhraveti, Pallavi, et al. Summary of Nonlabens marinus, Strain S1-08, version 25.0. 2020. biocyc.org
2. Park, Sanghwa, et al. Nonlabens marinus [corrected] sp. nov., a novel member of the Flavobacteriaceae isolated from the Pacific Ocean. 2012. PubMed.gov
3. Assembly: GCA_000831385.1. 2021. European Nucleotide Archive
4. Грамположительные и грамотрицательные бактерии, 09.10.2020
5. Таблица генов
6. Файл, содержащий геном бактерии формата fasta
7. Код
8. Таблица 2
9. Таблица 3
