Dashkevich

Дельта-(14)-стеролредуктаза

Введение

Белок:
Дельта-14 стеролредуктаза-ферментативный белок, относится к классу оксидоредуктаз(I). Белок находится в мембране клетки. Фермент восстанавливает двойную связь промежуточного продукта биосинтеза холестерина. Он участвует в процессе биосинтеза стероидов[1].

Рисунок структуры дельта-14-стеролредуктазы с НАДФН, показанным в виде палочки[1].

Организм:
Белок был выделен у Methylotuvimicrobium alcaliphilum. Methylotuvimicrobium alcaliphilum широко распространена в среде с высоким значением pH , а также в соленой среде[2]. Это метанотрофная бактерия, то есть она использует метан в качестве единственного источника углерода и энергии[3].

Протеомы

Выбраны два протеомы UP000008315(Methylotuvimicrobium alcaliphilum) и UP000197019(Methylovulum psychrotolerans). В первом протеоме 4041 белок, во втором - 4299 белков. Оба протеома хорошо изучены (По BUSCO 0.8% и 1.4% утерянных групп ортологов).
Methylovulum psychrotolerans отличается от изучаемой бактерии тем, что устойчива к холоду.
Запросы:
wget 'https://www.uniprot.org/uniprot/?query=proteome:UP000008315&format=txt&compress=yes' -O UP000008315.swiss.gz
wget 'https://www.uniprot.org/uniprot/?query=proteome:UP000197019&format=txt&compress=yes' -O UP000197019.swiss.gz

Таблица 1: Число белков в разных "функциональных группах"

	M. alcaliphilum	M. psychrotolerans
Трансмембранные	789 (19,5 %)	710 (16,5 %)
Ферменты	1030 (25,5 %)	713 (16,6 %)
Оксидоредуктазы	165 (4,1 %)	80 (1,9 %)

M. alcaliphilum

M. psychrotolerans

Трансмембранные

789 (19,5 %)

710 (16,5 %)

Ферменты

1030 (25,5 %)

713 (16,6 %)

Оксидоредуктазы

165 (4,1 %)

80 (1,9 %)

Запросы:
Трансмембранные:
annotation:(type:transmem) AND organism:"Methylotuvimicrobium alcaliphilum (strain DSM 19304 / NCIMB 14124 / VKM B-2133 / 20Z) (Methylomicrobium alcaliphilum) [1091494]" AND proteome:up000008315
annotation:(type:transmem) AND organism:"Methylovulum psychrotolerans [1704499]" AND proteome:up000197019
Ферменты:
ec:* AND organism:"Methylotuvimicrobium alcaliphilum (strain DSM 19304 / NCIMB 14124 / VKM B-2133 / 20Z) (Methylomicrobium alcaliphilum) [1091494]" AND proteome:up000008315
ec:* AND organism:"Methylovulum psychrotolerans [1704499]" AND proteome:up000197019
Оксидоредуктазы:
ec:1* AND organism:"Methylotuvimicrobium alcaliphilum (strain DSM 19304 / NCIMB 14124 / VKM B-2133 / 20Z) (Methylomicrobium alcaliphilum) [1091494]" AND proteome:up000008315
ec:1* AND organism:"Methylovulum psychrotolerans [1704499]" AND proteome:up000197019

После получения результатов сравнения протемов можно заметить, что количество ферметов у M. alcaliphilum больше, чем у M. psychrotolerans. То же и при сравнении оксидоредуктаз. С помощью команд в bash (zgrep '^DE' *.swiss.gz | grep 'EC=' | sort -u | tr '=' '\t' | cut -f2 | cut -f1 -d. | sort -n | uniq -c) я сравнила протеомы по всем классам ферментов.

Таблица 2: Число белков во всех классах ферментов

	M. alcaliphilum	M. psychrotolerans
I. Оксидоредуктазы	165(4,1 %)	80(1,9 %)
II. Трансферазы	299(5,7 %)	227(5,3 %)
III. Гидролазы	220(5,4 %)	128(3 %)
IV. Лиазы	92(2,3 %)	69(1,6 %)
V. Изомеразы	51(1,3 %)	36(0,83 %)
VI. Лигазы	70(1,7 %)	64(1,5 %)
VII. Транслоказы	28(0,7 %)	27(0,6 %)

Уменьшения количества ферментов связано с проживанием бактерии в условиях с низкими показателями температуры.