Dashkevich

1. Выбор семейства доменов из Pfam для анализа

Семейство доменов LPD18(PF18832) было выбрано случайно. Оно удовлетворяет всем ограничениям.

2. Описание семейства доменов

Характеристика: ID: DR2241
AC: PF18069
Функция: стабилизация тетрамера
Число всех последовательностей: 144
Число последовательностей в выравнивании: 25
Число доменных архитектур с этим доменом: 6
Две достаточно представленные доменные архитектуры: DR2241, Fer4_23(107); CbiX x 2, DR2241, Fer4_23(30)
Число разных белков с доменом семейства, для которых известна 3D структура: 1
Число белков с доменом по таксонам: этот домен втречается в белках Архей (99) и Бактерий(44).
Дата создания HMM профиля: февраль 2015
Число позиций HMM профиля: 111

3. Построение карты локального сходства

Рис. 1: Карта локального сходства белков V4Y4N4_9ARCH и A0A2Z3JH74_9DEIO

По результату выравнивания двух белков с доменными архитектурами DR2241, Fer4_23 и CbiX x 2, DR2241, Fer4_23 можно предположить наличие предположить наличие 4 вставок или делеций. Самая большая размером в 30 аминокислот.

4. Выделение двух подгрупп доменов Pfam на основании сходства в выравнивании доменов семейства

Для сравнения было выбрано пять групп, объединенных по совпадениям в интервалах 130-134 и 142 - 150.
Совпадают у всех групп позоции 1,5,15,21,24,26,33,51,86,95-96,105,116,119-120,125,134,139-142,145-146.
Ссылки на изначальное выравнивание и выравние выбранных групп.

Позиция	1 Группа	2 Группа	3 Группа	4 Группа	5 Группа	6 Группа
19	R	R	A	R	R	R
20	E/T	E	S	E/Q	E	E
28	I	I	I	I	I	V
33	T	T	D	T	T	T
50	D	D/P	D	N	D	D
67	D	D	T	D	E	E
93	R	R	L	R	F	L
127	G	G	G	G	A	G
131	V	V	A	V	Y	V
132	D	E	E	E	E	R
133	A	T	T	T	A	T
150	R	L	R	L	Q	R

Позиция	1 Группа	2 Группа	3 Группа	4 Группа	5 Группа	6 Группа
19	R	R	A	R	R	R
20	E/T	E	S	E/Q	E	E
28	I	I	I	I	I	V
33	T	T	D	T	T	T
50	D	D/P	D	N	D	D
67	D	D	T	D	E	E
93	R	R	L	R	F	L
127	G	G	G	G	A	G
131	V	V	A	V	Y	V
132	D	E	E	E	E	R
133	A	T	T	T	A	T
150	R	L	R	L	Q	R

Позиция	1 Группа	2 Группа	3 Группа	4 Группа	5 Группа	6 Группа
19	R	R	A	R	R	R
20	E/T	E	S	E/Q	E	E
28	I	I	I	I	I	V
33	T	T	D	T	T	T
50	D	D/P	D	N	D	D
67	D	D	T	D	E	E
93	R	R	L	R	F	L
127	G	G	G	G	A	G
131	V	V	A	V	Y	V
132	D	E	E	E	E	R
133	A	T	T	T	A	T
150	R	L	R	L	Q	R

Гомология и выравнивание

Позиция	1 Группа	2 Группа	3 Группа	4 Группа	5 Группа	6 Группа
19	R	R	A	R	R	R
20	E/T	E	S	E/Q	E	E
28	I	I	I	I	I	V
33	T	T	D	T	T	T
50	D	D/P	D	N	D	D
67	D	D	T	D	E	E
93	R	R	L	R	F	L
127	G	G	G	G	A	G
131	V	V	A	V	Y	V
132	D	E	E	E	E	R
133	A	T	T	T	A	T
150	R	L	R	L	Q	R