Консервативный мотив в выравнивании последовательностей гомологичных белков
Для анализа было взято семейтсво эндонуклеаз Asparagine synthetase (PF00733)
с seed=78. Был выбран консервативный по всем последо-
вательностям мотив L-S-G-G-X(1)-D-S в выравнивании 68 из 78 последовательностей.
Рис 1. Выравнивание с выделенным выбранным мотивом
С помощью MyHits было получено 1395 находок базе данных SwissProt и 35 из них пренадежат к семейству Asparagine synthetase.
Специфичный мотив для одной клады филогенетического дерева
Было построено в Jalview филогенетическое дерево алгоритмом NJ и выбрана клада, объединяющая из 4 организмов.
Рис 2. Филогенетическое дерево алгоритмом NJ
Рис 3. Выравнивание клады со спецефичным для нее мотивом
Был взят мотив D-V-P-L-G-A-F. Он встречается еще у 4 последовательностей за пределами клады.
Следовательно, мотив специфичен для данной клады.
PSI-BLAST
Для работы был выбран белок с идентификатором P47908 – это фактор, способствующий гибернации, функция которого димеризовать способные к трансляции 70 S рибосомы в транскрипционно неактивные 100 S рибосомы из организма Synechococcus sp. (Синехококк (цианобактерия)). В результате запуска 4 итераций PSI-BLAST получено 28 находок.
Таблица 1. Таблица итераций Psi-Blast
| Номер итерации | Число находок выше порога (0,005) | Идентификатор худшей находки выше порога | E-value этой находки | Идентификатор лучшей находки ниже порога | E-value этой находки |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 24 | P30334.1 | 0.004 | No | No |
| 2 | 28 | P9WMA8.1 | 3e-06 | No | No |
| 3 | 28 | P24694.1 | 4e-21 | No | No |
| 4 | 28 | P24694.1 | 3e-21 | No | No |
Проверка числа TA в геноме бактерии
Был взят полный референсный геном GCA_000831385.1 бактерии Nonlabens marinus S1-08. Для анализа числа ТА в геноме был использован скрипт Осиповой Вероники. Ожидаемое число сайтов ТА равно 433912, а реальное - 351459. Данные статистически значимые, так как p-value равно 0.0.
