Dashkevich

Введение

Для освоения работы в Pymol была выбрана модель комплекса белок-лиганд c PDB 5wf5.
В качестве белка выступает аденозиновый А 2А рецептор. Это человеческий мембранный белок, который экспресируется в клетках миокарда, где регулирует потребление кислорода клетками. Также он экспресиется в клетках мозга, где он играет важную роль в регуляции высвобождения глутамата и дофамина, что делает его потенциальной терапевтической мишенью для лечения таких состояний, как бессонница, боль, депрессия и болезнь Паркинсона. Более того было показано, что он может подавлять иммунные клетки, тем самым защищая ткани от воспаления.
В качестве лиганда (рис.1) выступает 6-(2,2-дифенилэтиламино)-9-[(2R,3R,4S,5S)-5-(этилкарбамоил)-3,4-дигидрокси-оксолан-2-ил]-N-[2-[(1-пиридин-2-илпиперидин-4-ил)карбамоиламино]этил]пурин-2-карбоксамид (я не нашла короткого названия 😅). Это агонист рецепторов аденозина А2A, который используется в исследованиях по изучению лечения хронической обструктивной болезни легких.

Рисунок 1:6-(2,2-дифенилэтиламино)-9-[(2R,3R,4S,5S)-5-(этилкарбамоил)-3,4-дигидрокси-оксолан-2-ил]-N-[2-[(1-пиридин-2-илпиперидин-4-ил)карбамоиламино]этил]пурин-2-карбоксамид

Задание №1: Взаимодействие лиганда с белком

Рисунок 2: Белок с лигандом

Рисунок 3: Карман связывания лиганда с белком

Рисунок 4: Взаимодействие лиганда с окружением. Желтым пунктиром обозначены водородные связи.

Было найдено 10 взаимодействий лиганда с белком.Никаких других взаимодействий, кроме водородных связей, найдено не было. Лиганд взаимодействует с фенилаланином, тирозином, аспарагином, гистидином, треонином и серином.
Взаимодействий с молекулами воды найдено не было. Ссылка на сессию Pymol к рисункам 2,3 и 4.