В этом задании мне была дана структура пенициллопепсина
(PDB: 3APP) из Penicillium janthenellum.

В данной работе использовался сервис PDB2PQR, который включает встроенный алгоритм PROPKA для оценки электростатики полярных участков белковой молекулы при протонировании титруемых химических групп. Был задан параметр pH равный 7.0, это соответствует условиям кристаллизации. Все остальные настройки были оставлены по умолчанию. По завершении анализа были получены файлы в форматах .log и .pqr.

Из файла .log были взяты амино-остатки со следующими pKa:
GLU_16 - 7.78,
ASP_300 - 10.27

Затем эти остатки были рассмотрены в структуре. Ссылка на сессию Pymol.

Рисунок 1: Структура пенициллопепсина

Рисунок 2: Glu_16 в протонированном состоянии и его окружение.Желтым обозначены водородные связи

Протонированный Glu_16 образовал связь с Asn_118 через протонированную карбоксиотную группу и амидную группу, тем самым стабилизируя структуру.

Протонированный Asp_300 образовал связь с карбоксигруппой Thr_214. Это способстует стабилизации структуры.

Рисунок 3: Asp_300 в протонированном состоянии и его окружение.Желтым обозначены водородные связи