DOMAK

Для выполения данного задания была взята структура белка гамма-кристаллин D (PDB: 1H4A), который является частью более широкого семейства кристаллинов, которые являются важными структурными белками, встречающимися преимущественно в хрусталике глаза позвоночных. Эти белки играют важную роль в поддержании прозрачности и показателя преломления хрусталика, которые жизненно важны для правильного зрения. По литературным данным идеет 2 домена: N-(стабилизирует белок) и C- концевой(обеспечивает взаимодействие с другими белками).

Был использовал алгоритм DOMAK, который предсказывает наличие доменов в структуре. Он использует метод SplitValue (индекс разделенности), который предполагает, что остатки внутри домена будут образовывать много контактов, тогда как между доменов взаимодействий быть практически не должно. На рисунке 1 представлен разультат работы этого алгорится. По этому графику можно сделать вывод, что исследуемый белок состоит из 2 доменов, разделенных по остатку 81 (максимум пика).

Рисунок 1: Значения функции SplitValue в зависимости от номера остатка

Далее были предложены структуры из базы данных CATH(рис.3). В CATH содержатся данные о том, что у структуры содержит 2 доменаа, разделенных на остатке 83. Эти данные очень похожи на те, что были полученные в DOMAK(рис.2).

Рисунок 2: Разбиение структуры по доменам на основе информации из базы данных DOMAK