1. Описание выбранного семейства доменов.
- Формальные данные:
- Функция и 3D структура:
Этот домен принимает сигнал от сенсорного партнера в
бактериальных двухкомпонентных системах. Обычно он находится на N-конце ДНК-связывающего
эффекторного домена.
Русский перевод названия - домен регулятора реакции. В молекулярной биологии регулятор реакции - это белок, обеспечивающий клеточный ответ на изменения в окружающей среде, который является частью двухкомпонентной регуляторной системы, распространенной среди бактерий. Такая система состоит из регулятора реакций (такого, как наш белок) и связанной с ним специфичной гистидинкиназы, которая отвечает за улавливание стимула из внешней среды. Регуляторы реакции и гистидинкиназы являются двумя наиболее растпространенными семействами генов у бактерий, использующих двухкомпонентные регуляторные системы. Они так же гораздо реже встречаются в геномах некоторых архей, дрожжей, нитчатых грибов и растений. Двухкомпонентные системы и связанные с ними белки не встречаются у многоклеточных животных.
| Тип данных | Информация | Пояснения |
|---|---|---|
| AC pfam | PF00072 | Имеет вид PF.... (пять цифр) |
| ID pfam | Response regulator receiver domain | В верхней строке страницы идёт сразу за AC. Short name -это не то. |
| #SEED | 52 | Число последовательностей в выравнивании SEED.Найдёте по ссылке Alignments |
| #All | 2M | Число всех белков с доменом семейства. В меню Proteins => all |
| #SW | 1k | Число белков с доменом Swissprot. В меню Proteins => reviewed |
| #architectures | 27k | Число разных доменных архитектур. В меню architectures |
| #3D | 466 | Число доменов с известной 3D структурой. Меню Structures |
| Taxonomy | 46k | Число всех белков с доменом семейства по супер-царствам. |
| #eukaryota | 53031 | |
| #archaea | 21969 | |
| #bacteria | 1707101 |
2. Построение карты локального сходства.
- Белок 1 (Q55033): PF00072 (Response_reg) - PF00563 (EAL)
- Общая длина: 421 а.о.
- Белок 2 (Q7MVV4): PF00072 (Response_reg) - PF08665 (PglZ)
- Общая длина: 518 а.о.
Домен EAL (PF00563) хорошо известен как циклическая ди-ГМФ (c-di-GMP) фосфодиэстераза. Он расщепляет c-di-GMP, которая является важным вторичным мессенджером в бактериях, регулирующим множество процессов, таких как подвижность, образование биопленок и вирулентность.
Домен PglZ (PF08665) в Pfam часто аннотируется как "Putative c-di-GMP phosphodiesterase" или относится к семейству белков, связанных с метаболизмом c-di-GMP.
То есть оба белка являются белками двухкомпонентной регуляторной системы бактерий, имеют одинаковый домен регулятора реакции (PF00072), но разные эффекторные домены, при этом похожие функционально. Такое функциональное сходство и сходство по длине обеспокоило меня, так как я боялась, что алгоритм BLASTp включит эти два разных домена в карту локального сходства. Однако, функциональное сходство не означает сходство последовательностей, что мы можем увидеть в результатах этого выравнивания.
E-value выравнивания имеет очень малое значение (1e-04), а карта локального сходства представляет собой почти непрерывную диагональную линию. Это говорит о том, что две последовательности имеют высокое сходство и коллинеарны (то есть, их сегменты расположены в одном и том же порядке). Мы можем видеть два небольших "разрыва" - один примерно на уровне 40-й аминокислоты, другой примерно на уровне 70-й. Эти разрывы обозначают либо инсерции/делеции а.о., либо области пониженного сходства, где E-value упало ниже порогового значения и поэтому линия на этом участке диаграммы не отобразилась.
Выше сказанное приводит нас к тому, что у этих двух белков есть гомологичный домен Response regulator receiver (PF00072), который они приобрели от общего предка, но его последовательность претерпела эволюционные изменения в нескольких местах. А так же, как белки с одной функцией (белки двухкомпонентной регуляторной системы) они имеют похожую доменную архитектуру.
ссылка на таблицу с информацией о доменной архитектуре белков