Объектом моего изучения в данном практикуме стала структура белка из банка PDB нерецепторной тирозин-протеинфосфатазы 1-го типа - это фермент класса гидролаза. Белок был веделен из организма Homo sapiens (системой экспрессии является Escherichia coli), его структуру вы можете увидеть на рисунке справа.
В структуре белка присутствует одна полимерная цепь (A-цепь), и этот фермент является мономером.
По данным базы Uniprot единственная полипептидная цепь этого белка (uniprot_id P18031)относится к организму Homo sapiens(человек) и имеет название нерецепторная тирозин-протеинфосфатаза 1-го типа (Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 1) О функциях данной цепи можно сказать следующее:
Тирозин-белковая фосфатаза действует как регулятор ответа эндоплазматического ретикулума на разворачивание белка. Опосредует дефосфорилирование EIF2AK3/PERK; инактивирует протеинкиназную активность EIF2AK3/PERK. Может играть важную роль в CKII- и p60c-src-индуцированных каскадах сигнальной трансдукции, регулировать сигнальный путь EFNA5-EPHA3, который модулирует реорганизацию клеток и их отталкивание. Так же может регулировать сигнальный путь рецептора фактора роста гепатоцитов через дефосфорилирование MET.
В последовательности относительно референса из Uniprot есть две мутации. В составе цепи отсутсвуют модифицированные аминокислотные остатки.
В структуре белка присутсвуют следующие типы малых молекул:
JLG: 2-(Тиофен-2-ил)-1,3-тиазол-4-карбоновая кислота (2-(thiophen-2-yl)-1,3-thiazole-4-carboxylic acid).TRS: 2-Амино-2-гидроксиметил-пропан-1,3-диол (2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL).
Соответствующие малым молекулам строки из pdb-файла приведены на этой странице.
Была использована страница данного белка в Protein Data Bank и Uniprot.