Мотивы, prosite
Мотивы, паттерны и результаты
Дано множественное выравнивание. С помощью сервиса prosite был произведен поиск мотивов для данного множественного выравнивания. Прежде этого, данный сервис не воспринимает последовательности с гепами, поэтому их пришлось удалить. Плюс, в нашем выравнивании оказалось больше 10 последовательностей, поэтому часть последовательностей была удалена. Был наден мотив, на рисунке 1 представлено выравнивание и выделен этот мотив.
Рис.1:Выравнивание с выделенным мотивом
Опираясь на участок с мотивом в выравнивании был составлен сильный паттерн - тот, с помощью которого, в идеале, находятся только гомологичные последовательности: I-[IV]-R-[EQ]-G-[ETGA]-[KISARLN]-G-[DE]-[LTASN]-F-[YF]-[IVL]-[IL]-[TQNSAK]-[SNHQ]-G. Результат:
- SwissProt - нашлось 6 последовательностей
- Tremble - нашлось 84 последовательности
Также был составлен слабый паттерн - тот, с помощью которого, в идеале, находятся все мотивы: I-[IV]-R-[EQ]-G-x(2)-G-[DE]-x-F-[YF]-[IVL]-[IL]-x(2)-G:
- SwissProt - нашлось 26 последовательностей
- Tremble - нашлось 580 последовательностей