Uniprot
Возьмем резервный белок из первого семестра из организма с идентификатором белка в базе данных NCBI Protein Database YP_003762680.1. В таблице указано, что данный белок принадлежит организму Mycobacterium leprae TN, однако оказалось, что белок принадлежит Amycolatopsis mediterranei U32 .
Определим код доступа в Uniprot, для этого воспользуемся функцией Retrieve/ID mapping, которая позволяет получить получить идентификатор Uniprot при наличии Refseq Protein ID. Идентификатор в БД Uniprot: A0A0H3CVH8 (A0A0H3CVH8_AMYMU)
Сравним описание моего белка с описанием того же белка из геномов двух других представителей того же рода. Такие белки называются ортологами. Для начала получим полную запись моего белка. К сожалению, скачать файл программой entret пакета EMBOSS не получилось, поэтому загрузила файл в текстовом формате с сайта Uniprot. Следующий шаг - поиск гомологов в организмах того же рода. Для этого использовался расширенный поиск по базе данных Uniprot: Protein name - 2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase; Taxonomy - Amycolatopsis. Результат: 12 найденных гомологов, из них случайным образом выбрано 2. Файл с описанием первого гомолога и файл с описанием второго гомолога.
Таблица со сравнением трех белков: заданного и двух его гомологов.
Несколько слов о нашем белке. Это 2,3-бисфосфоглицерат-зависимая фосфоглицератмутаза - одни из ферментов гликолиза, который катализирует превращение 3-фосфоглицерата в 2-фосфоглицерат. Поскольку все ферменты гликолиза находятся в цитозоле, то и наш белок также локализуется в цитозоле.
Для сравнеия белков было построено выравнивание также при помощи сервиса на сайте Uniprot:
Белки достаточно схожи по структуре, а остатки, участвующие в катализе, консервативны. На выравнии красным цветом обозначен активный центр, His-12 (12 гистидин): фосфорильная группа, связанная с остатком гистидина в активном центре фосфоглицератмутазы, замещает собой атом водорода в гидроксильной группе при С2 углероде 3-фосфоглицерата, образуя 2,3-дифосфоглицерат, который связывается другим гистидиновым остатком (184-His). Зеленым цветом обозначен сайт связывания субстрата (63-Arg и 101-Lys). 90 остаток глутамата, по литературным данным, не участвует напрямую в связывании, а скорее необходим для стабилизации белка.