Поиск организма по фрагменту нуклеотдной последовательности.

По заданному 300-нуклеотидному фрагменту, использую алгоритм megablast определили, что данный фрагмент принадлежит бактерии Caulobacter crescentus. Информация о записи, выданная программой blasn с помощью megablast:

• AC записи RefSeq: NC_011916.1
• Координаты данного фрагмента в записи: 1145-1444
• Кодирующий или некодирующий: некодирующий фрагмент

Поиск гомолога белка человека в слоне

Я выбрала белок junb_human. C помощью команды seqret sw:junb_human -auto была получена последовательность этого белка junb_human.fasta С помощью сайта ENA были найдены гомологи этого белка в геноме африканского слона. Ниже приведены параметры лучшей находки:

• E-value: 3E-43
• Длина: 162 aa
• Identity %: 59
• Координаты: 36972035->36972506
• Количество интронов: нет

Поиск некодирующих последовательностей программой BLAST

Определили АС записи EMBL с геномом бактерии Hirschia baltica: CP001678. Получили полную запись EMBL, в которой выбрали глициновую тРНК. Проводился поиск гомологов по всем бактериям порядка Rhodobacterales. Учитывались результаты с e-value < 0,001.Поиск проводился тремя алгоритмами.

• megablast: 1 хит
• blastn: 27 хитов
• blastn с длиной слова = 7, match/mismatch = 1/-1: 29 хитов

Вывод: Самое маленькое число находок было найдено при применении megablast. Это объясняется тем, что megablast использует длину слова = 28, то есть ищет максимально близкие последовательности, когда blastn использует длину слова = 11.