Филогенетическое дерево
Цель занятия: поработать с филогенетическим деревом нескольких бактерий.
Из предложенного списка бактерий отдела Firmicutes случайным образом были выбраны следующие 8 бактерий:
| Bacillus subtilis | BACSU |
| Clostridium botulinum | CLOB1 |
| Enterococcus faecalis | ENTFA |
| Finegoldia magna | FINM2 |
| Geobacillus kaustophilus | GEOKA |
| Lactobacillus delbrueckii | LACDA |
| Listeria monocytogenes | LISMO |
| Staphylococcus aureus | STAA1 |
Руководствуясь приведенным в задании филогенетическим деревом, было составлено филогенетическое дерево для выбранных бактерий. Ниже указана скобочная формула составленного дерева:
(((((BACSU, GEOKA), LISMO),STAA1),(LACDA, ENTFA)),(CLOB1, FINM2))
С помощью программы MEGA было создано изображение деревца:
Если считать нетривиальной ветвью такую, которая разбивает множества листьев на подмножества, в каждом из которых более одного элемента, то данное дерево содержит пять нетривиальных ветвей:
- {CLOB1,FINM2} против {LACDA,ENTFA,STAA1,LISMO,GEOKA,BACSU}
- {LACDA,ENTFA} против {CLOB1,FINM2,STAA1,LISMO,GEOKA,BACSU}
- {CLOB1,FINM2,LACDA,ENTFA} против {STAA1,LISMO,GEOKA,BACSU}
- {CLOB1,FINM2,LACDA,ENTFA,STAA1} против {LISMO,GEOKA,BACSU}
- {CLOB1,FINM2,LACDA,ENTFA,STAA1,LISMO} против {GEOKA,BACSU}