Сбор информации о ферменте P19526.
EC-код фермента P19526 - 2.4.1.69 - получен с помощью сервиса Swiss-Prot. Ниже представлена информация о расшифрованном EC-коде, полученная на сайте "Enzyme Nomenclature".
| Классификация | Цифра | Описание | Описание(оригинал) |
| Класс | 2 | Трансферазы | Transferase |
| Подкласс | 4 | Гликозилтрансфераза | Glycosiltransferase |
| Подподкласс | 1 | Гексозилтрансфераза | Hexosyltransferases |
| Порядковый номер | 69 | Галактозид 2-альфа-L-фукозилтрансфераза | Galactoside 2-alpha-L-fucosyltransferase |
Фермент катализирует следующую реакцию:
Определение числа ферментов человека с близкими функциями, описанными в Swiss-Prot.
С помощью SRS выяснено, сколько белков человека являются ферментами с тем же классом по EC, сколько — с тем же классом и подклассом, сколько имеют общие с моим ферментом три уровня классификации и сколько — все четыре.
| Классификация | Поиск по SRS | Число белков |
| Класс | 2.*.*.* | 2067 |
| Подкласс | 2.4.*.* | 343 |
| Подподкласс | 2.4.1.* | 254 |
| Порядковый номер | 2.4.1.69 | 4 |
Оценка сохранения функции фермента у белков со сходными последовательностями.
С помощью UniProt был получен список всех белков мыши (Mus musculus), у которых класс классификации ЕС совпадает с классом моего фермента. Полученные результаты сохранены в двух файлах: fasta-файл и текстовая таблица. Количество найденных белков = 1739, из них совпадают по подклассу 247,по подподклассу 171,а совпадение полной классификации приходится на 9 белков.
C помощью программы blastp были найдены белки, сходные по последовательности с моим ферментом. Порог e-value был равен 1:
makeblastdb -in 2-mm.fasta -out om -dbtype prot
blastp -query P19526.fasta -db om -out homologs.out -outfmt 6 -evalue 1
В файле excel приведена таблица с проанализированными результатами. Из 10 найденных по последовательности белков гомологичными можно считать 9.