Киотская энциклопедия генов и геномов (KEGG).
Определение метаболических путей.
Для фермента P19526 определим идентификатор в Киотской энциклопедии генов и геномов (KEGG): hsa:2523.
Метаболические пути, ассоциированные с геном.
На главной страничке KEGG провели поиск по идентификатору. В открывшемся документе нашли описание метаболических путей ("Pathways"), ассоциированных с геном:
| Идентификатор KEGG | Английское название | Русское название |
| hsa00601 | Glycosphingolipid biosynthesis - lacto and neolacto series | Биосинтез гликосфинголипидов - лакто и неолакто серии |
| hsa00603 | Glycosphingolipid biosynthesis - globo series | Биосинтез гликосфинголипидов - глобо серии |
Ниже представлена карта первого из найденных путей:
Поиск структурных формул заданных соединений.
С главной страницы KEGG прошли по гиперссылке "KEGG2" ("KEGG Table of Contents"), а с открывшейся страницы – по гиперссылке "KEGG LIGAND". Провели поиск каждого из веществ ((S)-малат и пируват) по базе лигандов. В таблице представлены названия на русском и на английском языках, идентификаторы и структурные формулы:
| Английское название | Русское название | Идентификатор | Структурная формула |
| (S)- malate | (S)- малат | c00149 |  |
| Pyruvate | Пируват | c00022 |  |
Метаболический путь от одного заданного вещества к другому.
С главной страницы KEGG прощли по гиперссылке "KEGG PATHWAY". Нашли гиперссылку "Search&Color Pathway" и проследовали по ней.
В поле запроса ввеkb найденные в предыдущем упражнении идентификаторы соединений (c00149 и c00022). Указали, что хотим раскрасить первое соединение красным, а второе – зеленым . После ввода запроса на экране появился список карт. Нам нужны те, после названия которых указано "2", что означает, что в ней присутствуют оба соединения (кроме общей карты "Metabolic pathways"). Убедились в том, что оба вещества присутствуют под своими именами и окрашены. Попробовали найти путь, соединяющий два вещества. Если такового явно нет, попробовали другую карту. Если путей несколько - выбирали кратчайший.
Определили, есть ли направление у найденного пути. Другими словами, ведет ли путь от первого заданного соединения ко второму, или от второго – к первому, или, возможно, все реакции идут в обоих направлениях, и, соответственно, направления нет. В нашем случае путь ведет от малата к пирувату.
Ниже представлено название карты, на которой нашелся путь, соединяющий названия двух соединений,а между ними стрелочка, показывающая направление.
Карта:Carbon fixation in fhotosynthetic organisms Путь: малат > пируват
Найденный путь для удобства отметили на карте. Если подвести курсор к любому интермедиату на карте, высвечивается код данного соединения. Выписали коды всех промежуточных соединений. Вернулись к страничке с запросом и ввели идентификаторы как заданных соединений, так и всех промежуточных. Указали, что хотим отметить все промежуточные соединения желтым цветом. Начальное заданное исходное соединений выделили красным, а конечное – зеленым.
Раскрашенную карту сохранили как графический файл и поместиле на страничке чуть ниже.
