Распределение электронной плотности
Выбор структуры белка
Для дальнейшей работы был выбран белок 2OLR (разрешение - 1.60Å). Этот белок - фосфоенолпируваткарбоксикиназа E.coli - участвует в метаболизме пирувата.
Рисунок 1. Изображение выбранного белка.
Данный белок был проверен на соответствие следующим пребованиям:
- Сервис EDS (Electron Density Server) знает PDB код нашего белка. Это равносильно тому, что в PDB лежат экспериментальные данные помимо модели (файл структурных факторов)
- Для данного белка имются подходящие структурные гомологи. Для проверки этого использовался сервис PDBeFold, который выполняет структурное выравнивание нашего белка с моделями из PDB. Необходимо было убедиться, что нашлись 5 или более белков с RMSD (Root Mean Squared Deviation) от 0.8 до 3.0 ?, а также N-align (число сопостовляемых C-alpha атомов) от половины числа аминокислотных остатков входного белка до 90%. Информация о пяти выбранных гомологах представлена в таблице ниже.
| Название | RMSD | N_align | PDB ID |
| CRYSTAL STRUCTURE OF ATP-DEPENDENT PHOSPHOENOLPYRUVATE CARBOXYKINASE FROM THERMUS THERMOPHILUS HB8 | 2.09 | 481 | 2pc9 |
| THE STRUCTURE OF MITOCHONDRIAL PEPCK, COMPLEX WITH MN AND GDP | 2.68 | 437 | 2fah |
| I45T CYTOSOLIC PHOSPHOENOLPYRUVATE CARBOXYKINASE IN COMPLEX WITH BETA- SULFOPYRUVATE AND GTP | 2.74 | 439 | 4ox2 |
| STRUCTURE OF A GTP-DEPENDENT BACTERIAL PEP-CARBOXYKINASE FROM CORYNEBACTERIUM GLUTAMICUM | 2.80 | 433 | 2zci |
| STRUCTURE OF RAT CYTOSOLIC PEPCK LD_3G IN COMPLEX WITH OXALATE AND GTP | 2.82 | 444 | 4gnq |
Изображение электронной плотности вокруг полипептидной цепи
C сайта EDS был скачан файл с картой электронной плотности. Для визуализации использовалась программа Pymol. Ниже предсталены изображения электроной плотности вокруг остова белка для уровней изолиний 1σ, 2σ и 3σ.
Рисунок 2. Электронная плотность с уровнем подрезки 1σ.
Рисунок 3. Электронная плотность с уровнем подрезки 2σ.
Рисунок 4. Электронная плотность с уровнем подрезки 3σ.
Можно заметить, что с увеличением уровня подрезки оголяются атомы некоторых аминокислотных остатков.
Изображение электронной плотности вокруг отдельных аминокислотных остатков
Далее была построена электронная плотность вокруг нескольких аминокислотных остатков, а именно изолейцин 518, аспартат 519, аспарагин 520, фенилаланин 521.
Рисунок 5. Электронная плотность с уровнем подрезки 1σ.
Рисунок 6. Электронная плотность с уровнем подрезки 2σ.
Рисунок 7. Электронная плотность с уровнем подрезки 3σ.
Как видно из рисунков, с увеличением уровня подрезки электронной плотности до 2σ начинают оголяться некоторые атомы, как, например, карбоксильная группа аспартата. Уровень подрезки в 3σ явно слишком сильный. В общем, можно сказать о хорошем разрешении структуры.