Изучение файла структурных факторов
Для анализа файла структурных факторов был взят белок с PDB ID 2OLR, для которого с сайта PDB был скачан файл в формате mmCIF. В данном формате содержатся:
- данные об измеренных структурных факторах, которые начинаются со строки "loop_"
- ниже построчно идут названия колонок
- ниже идут строки с измерениями
Один структурный фактор соответствует одной строке, в которой указаны следующие данные:
- целые числа h, k, l в трех колонках: _refln.index_h, _refln.index_k, _refln.index_l
- F - среднее значение измерений структурного фактора: _refln.F_meas_au
- F_sigma - ср. кв. отклонение от среднего: _refln.F_meas_sigma_au
- _refln.status - использован ли структурный фактор для оптимизации модели
- _refln.F_calc - структурный фактор, рассчитанный по модели
- _refln.phase_calc - фаза, рассчитанная по модели
Для удобства работы таблица была сохранена в виде Excel таблицы.
В файле присутствуют 71300 структурных фактора, из которых 71055 использовались для оптимизации модели.
Пример неиспользованных структурных факторов
Неизмеренные структурные факторы соответствуют явно пропущенным тройкам чисел (h,k,l). Явно пропущенные - это такие, что (1)их нет в файле,(2)хотя бы одна тройка (h',k',l') с h'>=h, k'>=k, l'>=l присутствует в файле.
Как видно из таблицы, явно пропущенными являются тройки чисел (структурные факторы):(0,2,1), (0,2,2), (2,0,1), (2,0,2), (2,3,1). Причем для некоторых структурных факторов отсутствуют среднее значение и ср. кв. отклонение структурнрго фактора.