Суть задания - ознакомиться с программой ZDOCK и сделать предсказание о связывании фрагмента антитела (VHH domain) с панкреатической альфа-амилазой.
%%bash
export LD_LIBRARY_PATH=${LD_LIBRARY_PATH}:/home/preps/golovin/progs/lib
export PATH=${PATH}:/home/preps/golovin/progs/bin
%%bash
wget http://kodomo.cmm.msu.ru/~golovin/zdock/amylase.pdb
wget http://kodomo.cmm.msu.ru/~golovin/zdock/camelid.pdb
wget http://kodomo.cmm.msu.ru/~golovin/zdock/uniCHARMM
Добавим водороды к обоим pdb
pdb2gmx -f amylase.pdb -o amylase_h.pdb -p -ignh
pdb2gmx -f camelid.pdb -o camelid_h.pdb -p -ignh
mark_sur amylase_h.pdb amylase_hm.pdb
mark_sur camelid_h.pdb camelid_hm.pdb
Для успешной работы zrank и zdock из pdb файлов надо удалить строчки MODEL и TER
Установлено, что:
замечательной программе zrank очень нужна пустая строка до начала записей об атомах.
полезно убрать именно вторую строчку из копии zdock.out (zdock.out.cp) и использовать её для работы zrank.
zrank zdock.out.cp 1 2000
sort -n -k2 zdock.out.cp.zr.out | head