Макромолекулярный докинг

Суть задания - ознакомиться с программой ZDOCK и сделать предсказание о связывании фрагмента антитела (VHH domain) с панкреатической альфа-амилазой.

In [1]:
%%bash
export LD_LIBRARY_PATH=${LD_LIBRARY_PATH}:/home/preps/golovin/progs/lib
export PATH=${PATH}:/home/preps/golovin/progs/bin
Скопировала в рабочую директорию файлы amylasse.pdb, camelid.pdb и uniCHARMM.
In [2]:
%%bash
wget http://kodomo.cmm.msu.ru/~golovin/zdock/amylase.pdb
wget http://kodomo.cmm.msu.ru/~golovin/zdock/camelid.pdb
wget http://kodomo.cmm.msu.ru/~golovin/zdock/uniCHARMM
--2016-05-29 21:47:57--  http://kodomo.cmm.msu.ru/~golovin/zdock/amylase.pdb
Resolving kodomo.cmm.msu.ru... 93.180.63.127
Connecting to kodomo.cmm.msu.ru|93.180.63.127|:80... connected.
HTTP request sent, awaiting response... 200 OK
Length: 387504 (378K) [chemical/x-pdb]
Saving to: `amylase.pdb.1'

     0K .......... .......... .......... .......... .......... 13% 1.12M 0s
    50K .......... .......... .......... .......... .......... 26%  163M 0s
   100K .......... .......... .......... .......... .......... 39%  217M 0s
   150K .......... .......... .......... .......... .......... 52%  283M 0s
   200K .......... .......... .......... .......... .......... 66%  329M 0s
   250K .......... .......... .......... .......... .......... 79%  231M 0s
   300K .......... .......... .......... .......... .......... 92%  304M 0s
   350K .......... .......... ........                        100%  547M=0.04s

2016-05-29 21:47:57 (8.21 MB/s) - `amylase.pdb.1' saved [387504/387504]

--2016-05-29 21:47:57--  http://kodomo.cmm.msu.ru/~golovin/zdock/camelid.pdb
Resolving kodomo.cmm.msu.ru... 93.180.63.127
Connecting to kodomo.cmm.msu.ru|93.180.63.127|:80... connected.
HTTP request sent, awaiting response... 200 OK
Length: 73224 (72K) [chemical/x-pdb]
Saving to: `camelid.pdb.1'

     0K .......... .......... .......... .......... .......... 69%  181M 0s
    50K .......... .......... .                               100%  355M=0s

2016-05-29 21:47:57 (212 MB/s) - `camelid.pdb.1' saved [73224/73224]

--2016-05-29 21:47:57--  http://kodomo.cmm.msu.ru/~golovin/zdock/uniCHARMM
Resolving kodomo.cmm.msu.ru... 93.180.63.127
Connecting to kodomo.cmm.msu.ru|93.180.63.127|:80... connected.
HTTP request sent, awaiting response... 200 OK
Length: 17376 (17K)
Saving to: `uniCHARMM.1'

     0K .......... ......                                     100%  201M=0s

2016-05-29 21:47:57 (201 MB/s) - `uniCHARMM.1' saved [17376/17376]


Добавим водороды к обоим pdb

In [1]:
pdb2gmx -f amylase.pdb -o amylase_h.pdb -p -ignh
pdb2gmx -f camelid.pdb -o camelid_h.pdb -p -ignh
  File "<ipython-input-1-9d41c36370d6>", line 1
    pdb2gmx -f amylase.pdb -o amylase_h.pdb -p -ignh
                     ^
SyntaxError: invalid syntax

mark_sur amylase_h.pdb amylase_hm.pdb

mark_sur camelid_h.pdb camelid_hm.pdb

Для успешной работы zrank и zdock из pdb файлов надо удалить строчки MODEL и TER

Установлено, что:

  1. замечательной программе zrank очень нужна пустая строка до начала записей об атомах.

  2. полезно убрать именно вторую строчку из копии zdock.out (zdock.out.cp) и использовать её для работы zrank.

zrank zdock.out.cp 1 2000

sort -n -k2 zdock.out.cp.zr.out | head