Семи-эмпирические вычисления: Mopac¶
Импортируем все необходимые переменые:
export PATH=${PATH}:/home/preps/golovin/progs/bin
export MOPAC_LICENSE=/home/preps/golovin/progs/bin
In [1]:
from xmlrpclib import ServerProxy
from IPython.display import Image
import os, sys
import __main__
__main__.pymol_argv = [ 'pymol', '-cp']
import pymol
pymol.finish_launching()
from pymol import cmd
from IPython.display import Image
Создадим файл со SMILES записью порфирина:
In [2]:
%%bash
echo "c1cc2cc3ccc(cc4ccc(cc5ccc(cc1n2)[nH]5)n4)[nH]3 porphyrin" > 1.smi
obgen 1.smi > 1.mol
In [24]:
cmd.do('''
delete all
load 1.mol
bg_color white
set label_color black
label all, "%s" % ID
ray
png porph.png
''')
In [25]:
Image(filename='porph.png')
Out[25]:
Как мы видим, 39 и 40 водороды лишние, уберем их
In [26]:
cmd.do('''
select new, id 39+40
remove new
png 1.png
save porph.pdb
''')
In [27]:
Image(filename='1.png')
Out[27]:
In []: