Знакомство с Pymol

Запуск Pymol

from xmlrpclib import ServerProxy
from IPython.display import Image
import os, sys

# pymol launching
import __main__

##__main__.pymol_argv = [ 'pymol', '-x' ]
 
## Если вывод в графическое окно тормозит или не нужен, то:
__main__.pymol_argv = [ 'pymol', '-cp' ]

import pymol

pymol.finish_launching()

from pymol import cmd

## Информацию об ошибках можно смотреть там, где запускали iPython notebook

## Будем вставлять файлы изображений

from IPython.display import Image

cmd.delete('all')
cmd.fetch('1lmp')

## А можно не париться с cmd
cmd.do('''
bg_color white
remove solvent
extract ligands, het
as surface, 1lmp
set transparency, 0.5
as sticks, ligans
show sticks, byres(1lmp w. 4 of ligands)
center ligands
origin ligands
zoom ligands
dist hbo,1lmp,ligands,3.2, mode=2
ray
png pic1.png
''')

##Если не хотим указывать полный путь к файлу, то:
Image(filename='pic1.png')