Практикум 11

Кратко опишите выбранное семейство доменов

AC семейства: PF00032

Name: Cytochrom_B_C

Число последовательностей в seed: 133

Число последовательностей в full: 5590

Число доменных архитектур: 75

О функции и/или 3D-структуре домена.

В митохондрии эукариот и аэробных прокариот цитохром B – компонент комплекса III — мультибелкового комплекса дыхательной цепи переноса электронов и важнейшего биохимического генератора протонного градиента на мембране митохондрий (т.е важен для синтеза АТФ). У хлоропластов растений и цианобактерий есть белок с аналогичной функцией, цитохром b6, но обеспечивает перенос электронов и протонов в тилакоидной мембране хлоропластов.

Таксономическая распространённость домена

Цитохром b встречается и у эукариот, и у прокариот (архей и бактерий), но прокариоты должны быть аэробные, иначе им будет не особо нужен белок с подобной функцией. Данный белок находится в мембране клетки аэробного организма.

Таблица 11.1 Параметры выравнивания и консервативные колонки
Параметр Значение
Выравнивание seed 133 последовательности, 183 колонки
Максимальный достоверный блок, включающие ВСЕ последовательности (МДБ-all) 11-24
100% консервативные колонки в МДБ-all
Колонка 15: [W]
Колонка 16: [Y]
100% консервативность: в позициях 15 и 16 все последовательности содержат W и Y соответственно.
Примечание: МДБ-all (максимальный достоверный блок) включает все выровненные последовательности без пропусков. Консервативные колонки 15 ([W]) и 16 ([Y]) абсолютно инвариантны в этом блоке.

Блок на участке с 45 колонки по 52 колонку почти не содержит любых совпадений в последовательностях, кроме, конечно, гэпов. Гэпов в этом блоке очень много, что тоже даёт понять: маловероятно, что выравнивание на этом участке отражает ход эволюции.

✨ Проект в Jalview

Постройте карту локального сходства (dotplot) двух последовательностей с одним и тем же доменом, но с разной доменной архитектурой

Таблица 11-5 Информация о доменных архитектурах
Тип записи Данные
доменная архитектура 1 PF13631 - PF00032 - PF00034
Белок с архитектурой 1 A0A382DJ25
доменная архитектура 2 PF13631 - PF00032 - PF00034 - PF13442
Белок с архитектурой 2 L0DPI2
Домены PF00032 (Cytochrom_B_C) присутствует в обеих архитектурах, но отличаются дополнительными доменами.