В строке поиска я написала название моей бактерии «Persephonella marina». Я получила 2056 результатов по данному запросу. Я выбрала белок фосфофруктокиназы, поскольку мне знакомо его название, также повлияло, что этот белок был хорошо аннотирован (4/5). Мне показалось, что будет полезно сравнить представленность этого белка, кодируемого именно геном pfkA, с представленностью фосфофруктокиназ у всех организмов, поскольку многие организмы используют гликолиз.
АТФ-зависимая 6-фосфофруктокиназа – белок, который участвует в первой стадии гликолиза – катализирует фосфорилирование D-фруктозы до фруктозо-1,6-бифосфата при участии АТФ.
Интересно, что Фосфофруктокиназа-1 регулируется аллостерически. Её активность увеличивается, когда клеточные запасы АТФ истощаются, а продукты распада АТФ (АДФ и АМФ) накапливаются.
1) protein_name:"ATP-dependent 6-phosphofructokinase"
Мне стало интересно, насколько АТФ-зависимая фосфофруктокиназа распространена среди живых организмов. Нашла 26817 организмов, использующих данный фермент.
2) (protein_name:"ATP-dependent 6-phosphofructokinase") AND (gene:pfkA)
Мне стало интересно, насколько много фосфофрукткиназ, кодируемых таким же геном (pfkA), каким она кодируется у Persephonella marina. Организмов с такими фосфофруктокиназами оказалось 16666 видов.
3) (protein_name:"ATP-dependent 6-phosphofructokinase") AND (gene:pfkA) AND (taxonomy_name:Mammalia)
Меня заинтересовало, насколько данный ген, кодирующий фосфофруктокиназу, оказался устойчив в результате эволюции. Оказалось, что он сохранился у Mus Musculus. Поскольку мыши имеют относительно человека изменчивый геном, можно предположить, что гены, кодирующие АТФ-зависимую фосфофруктокиназу, в т.ч. и pfkA, были полезны мышам, поэтому это довольно полезный ген и белок тоже.