ПОИСК ПО СХОДСТВУ. BLAST, E-VALUE.
В данной работе проверялась гомологичность белка Ribonuclease J1 (RNJ1_BACSU) из штама бактерии Bacillus subtilis (strain 168) и девяти находок BLAST. Информакция о находках представлена в Таблице 1.

Таблица 1. Информация о находках BLAST

IDRecNameCoverage %Identity % E-value Гомологичность RNJ1_BACSU
RNJ_SYNY3Ribonuclease J98%45%6e-167ДА
RNJ2_STAAS Ribonuclease J299%42%5e-166ДА
RNJ_MYCS2Ribonuclease J98%40%4e-147ДА
RNJ_MYCPNRibonuclease J99%35%1e-111ДА
RNJ_HALSARibonuclease J76%29%2e-50ДА
INT11_DANREIntegrator complex subunit 1118%32%6e-07ДА
RNSE_THET8Ribonuclease44%22%3e-04ДА
YYBB_BACSUProbable metallo-hydrolase YybB12%32%0.007НЕТ
Y1529_STAANUPF0173 metal-dependent hydrolase SA152917%29%2.7НЕТ
Для того, чтобы определить, являются ли данные находки гомологичными белку Ribonuclease J1 (RNJ1_BACSU), было построено множественное выравнивание их последовательностей при помощи программы Jalview. Выравнивание представлено на Рис.1.

Рис. 1 Множественное выравнивание находок

ПРОЕКТ С ВЫРАВНИВАНИЕМ

В результате изучения параметров таблицы и выравнивания, я пришла к выводу, что негомологичными рассматриваемому белку являются
  1. YYBB_BACSU
    Данная последовательность не входит в оба отмеченных блока, а также она характеризуется низким числом консервативных позиций и низким сходством с другими последовательностями,а также большим числом гэпов, отличается по функциям от Рибонуклеазы J.
  2. Y1529_STAAN -аналогично не входит в блоки, обладает очень высоким значением E-value, очень большим числом гэпов, а также достаточно низкое количество консервативных позиций.

ПЕРЕСТРОЙКИ МЕЖДУ ПАРОЙ БЕЛКОВ, ИМЕЮЩИХ ГОМОЛОГИЧНЫЕ УЧАСТКИ

В данном случае рассмтаривался белок Рибонуклеазы J (PDB ID: RNJ1_BACSU), организм - Bacillus subtilis (strain 168), структура которого была рассмотрена ранее, а также одна из находок PFAM: белок с двумя доменами (Lactamase_B и RMMBL), аналогичными доменам Рибонуклеазы J. Данный белок имеет длину последовательности 1185 аминокислотных остатков, PDB ID: A0A0D9VGT5_9ORYZ; организм - Uncharacterized protein.

C помощью BLAST была построена карта локального сходства для двух данных последовательностей. Карта предствалена на Рис.2. Для выравнивания двух последовательностей и получения карты использовались следующие параметры: Word size = 2, E-value =1.0E-5. Построенное выравнивание обладает следующими характеристиками:

Рис 2. Карта локального сходства двух последовательностей: Coverage - 83%; E-value - 1e-32; Identity - 26%.

Комментарий к карте

На карте одинаковыми цветами обозначены одинаковые участки последовательностей, при этом каждому участку присвоена своя буква. Горизонтальной осью обозначена последовательность Рибонуклеазы J, а вертикальной - A0A0D9VGT5_9ORYZ. Исходя из карты и переобозначив схожие участки двух последовательностей одинаковыми буквами получим:

  1. RNJ1_BACSU (далее последовательность 1): A-B-D-C
  2. A0A0D9VGT5_9ORYZ (далее последовательность 2): B-C-E-A-B

Таким образом, мы видим вставку фрагмена B в начало последовательности 2, транслокацию фрагментов AB и С (в последовательности 2 сначала идет участок С(~ с 200 по 450), затем негомологичный фрагмент Е и уже потом участки AB (~ с 610 по 800); в последовательности 1 наоборот, сначала идут фрагменты AB (~1-190), затем негомологичный учасок D, b уже после фрагмент C(~240-473)).Можно также предположить, что произошла не транслокация этих фрагментов, а лишь вставка фрагмента С в одну из последовательностей, так как эти фрагменты (AB и С) разделены между собой негомологичными участкакми). Также мы можем наблюдать небольшую делецию кусочка фрагмента А из последовательности 2 - обозначено на Рис.2 небольшим черным кругом.

Главнaя страница
© Анна Камышева 2016