EMBOSS

В данном практикуме работы велась с программами для анализа последовательности из пакета EMBOSS. Нижк приведены команды, с помощью которых были выполнены различные задания и результаты их работы.

1.ОБЪЕДИНИТЬ ИСХЛДНЫЕ ФАЙЛЫ

С помощью данной команды исходные последовательности были объединены в один файл:

Исходные файлы:

  1. scaffold-5.fasta
  2. scaffold-7.fasta
  3. scaffold-9.fasta
  4. scaffold-11.fasta
  5. scaffold-12.fasta

$seqret '*.fasta' scoffold-s.fasta

Результат:
scoffolds.fasta

2.РАЗДЕЛИТЬ ИСХОДНЫЙ ФАЙЛ

С помощью данной команды исходный файл с последовательностями был разделен на несколько файлов с одной из последовательностей в каждом:

Исходный файл:scaffolds.fasta

seqretsplit scaffolds.fasta

Результаты:

  1. scaffold-.fasta
  2. scaffold-3.fasta
  3. scaffold-4.fasta
  4. scaffold-5.fasta
  5. scaffold-7.fasta
  6. scaffold-9.fasta
  7. scaffold-11.fasta
  8. scaffold-12.fasta
  9. scaffold-15.fasta
  10. scaffold-19.fasta

4.ТРАНСЛЯЦИЯ НУКЛЕОТИДНОЙ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ В АМИНОКИСЛОТНУЮ

С помощью нижеописанной команды последовательности исходного файла были транслированы и записаны в один файл:

Исходный файл:ogdh-1.fasta

transeq ogdh-1.fasta ogdh-1.pep

Результат:
ogdh-1.pep

5.ТРАНСЛЯЦИЯ В ШЕСТИ РАМКАХ

С помощью следующей команды была проведена трансляция нуклеотидной последовательности в аминокислотную в 6 возможных рамках считывания:

Исходный файл:
ogdh-1.fasta

transeq ogdh-1.fasta -frame 6 ogdh-16.pep

Результат:
ogdh-16.pep

6. ПЕРЕВОД ИЗ .fasta В .msf

С помощью следующей команды был осуществлен перевод последовательности из формата fasta в msf:

Исходный файл:
scaffold-3.fasta

seqret scaffold-3.fasta msf::scaffold3.msf

Результат:
scaffold3.msf

8.ПЕРЕВОД ИЗ .gb в .gff

С помощью следующей команды был произведен перевод последовательности из формата .gb в .gff

Исходный файл:
sequence.gb

featcopy sequence.gb sequence.gff

Результат:
sequence.gff

10. ПЕРЕМЕШИВАНИЕ БУКВ В ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ

С помощью следующей команды буквы в последовательности были случайным образом перемешаны:

Исходный файл:
scaffold-3.fasta

shuffleseq scaffold-3.fasta shuffle.fasta

Результат:
shuffle.fasta

13. ПОДСЧЕТ ЧАСТОТ ВСТРЕЧАЕМОСТИ В ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ

С помощью данной программы был произведен подсчет частоты встречаемости триплетов (-word 3) в последовательности

Исходный файл:
scaffold-3.fasta

$compseq scaffold-3.fasta -word 3 count.fasta

Результат:
count.fasta

16. ПОСТРОЕНИЕ ЛОКАЛЬНОГО МНОЖЕСТВЕННОГО ВЫРАВНИВАНИЯ

С помощью следующей команды было построено локальное множественное выравнивание трех последовательностей:

Исходный файл:
align.fasta

edialign align.fasta align.edialign alignment1111.fasta

Результат:
align.edialign
alignment1111.fasta

18. ПЕРЕВОД СИМВОЛОВ КОНЦА СТРОКИ В КОДИРОВКУ UNIX

Символы конца строки исходного файла были переведены в формат UNIX

Исходный файл:
scaffold-3.fasta

noreturn scaffold-3.fasta scaffold-3_noreturn.fasta

Результат:
scaffold-3_noreturn.fasta

19.СОЗДАНИЕ СЛУЧАЙНЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ

С помощью следующей команды были созданы 3 (-amount 3) случайных последовательности длины 100 (-length 100):

makenucseq -amount 3 -length 100 -auto seq.fasta

Результат:
seq.fasta

Главнaя страница
© Анна Камышева 2016