Human parechovirus

Парэховирус человека относится к роду парэховирусов (лат. Parechovirus) из семейства пикорнавирусов (Picornaviridae).Этот род выделен Международным комитетом по таксономии вирусов (ICTV) в 1996, назван в 1997 годах. [3]
Вирион икосаэдрический, не имеет оболочки, диаметр около 30 нм. Геномная РНК однонитевая, положительной полярности, кодирует 12 белков. Репликация и сборка происходит в цитоплазме, высвобождение вирусных частиц происходит при лизисе клетки. Вирусы тропны ко многим клеткам организма, особенно к энтероцитам. Наиболее частым проявлением инфекции является гастроэнтерит и респираторные заболевания. Основной группой риска по заболеванию парэховирусной инфекцией являются дети в возрасте до 5 лет. Более 95 % людей инфицируются парэховирусом человека в раннем возрасте, от двух до пяти лет. [1]

История открытия Вируса

В 1956 году во время изучения случаев летней диареи Wigand R. и Sabin A. выделлили из ректальных тампонов больных детей два ранее неизветсных вируса. Эти вирусы первоначально были классифицированы как вирус ECHO 22 (штамм Harris) и ECHO 23 (штамм Williamcon). Однако исследователи сразу обратили внимание на особые ростовые свойства новых вирусов, отличные от других энтеровирусов. Другое отличие типичных энтеровирусов заключалось в полном отсутствии подавления синтеза протеинов в клетке хозяина. Уникальныные свойства также присущи капсиду вириона и вторичной структуре генома парэховирусов. На основании отличительных молекулярно-биологических свойств парэховирусы 22 и 23 были выделены в 1999 году в самостоятельный род (Parecchovirus) и переименованы в парэховирус 1 и 2, соответсвенно HPEV1 и HPEV2. На данный момент охарактеризовано 10 типов парэховирусов человека.[4]

Реконструкция парэховируса человека 1 [5]

Cтроение генома вирусов семейства Пикорнавирусы

Геномная РНК пикорнавирусов содержит в большинстве случаев одну открытую рамку. Трансляция вирусной РНК приводит к образованию гигантского белка-предшественника, который еще до завершения синтеза нарезается вирусными протеазами, с образованием зрелых вирусных белков. К 5' — концу вирусной РНК ковалентно прикреплен маленький белок — VPg (от англ. viral protein genome linked, вирусный белок, соединенный с геномом). 3' — конец содержит несколько десятков остатков аденина, подобно клеточным мРНК. На 5' и 3' — концах вирусной РНК располагаются так называемые цис-репликативные элементы - это последовательности, необходимые для репликации. [2]
Схема строения вируса гепатита А (представителя семейства Пикорнавирусы) [6]

Белки Пикорнавирусы

Геном пикорнавирусов кодирует около десятка белков (12 для пареховирусов). Эти белки обеспечивают репликацию вирусной РНК, перепрограммирование клетки, сборку зрелых вирионов. Кодирующую область генома довольно условно делят на три участка: P1 — кодирует структурные белки VP1, VP2, VP3, VP4, из которых строится вирусная частица. P2 и P3 — кодируют белки, необходимые для перепрограммирования клетки и репликации. [2]

Общая схема строения геномной РНК (A) и процессинга полипротеина пикорнавирусов (B) [2]
Cхема репродукции пикорнавирусов [6]

Характеристика вируса

Параметр Значение параметра
Английское (или латинское) название вируса Human parechovirus
Русское название вируса Парэховирус человека
Количество фрагментов в полном геноме 1
Общая длина генома (п.н.) 7348
Количество кодируемых в геноме полипептидов 1
Количество "зрелых" вирусных белков 10

Последовательность белка в fasta формате 

>NP_046804.1 polyprotein
METIKSIADMATGVTKTIDATINSVNEIITNTDNASGGDILTKVADDASNILGPNCYAT
TSEPENKDVVQATTTVNTTNLTQHPSAPTLPFTPDFSNVDTFHSMAYDTTTGSKNPNKL
VRLTTHAWASTLQRGHQIDHVNLPVDFWDEQRKPAYGHAKYFAAVRCGFHFQVQVNVNQ
GTAGSALVVYEPKPVVDYDKDLEFGAFTNLPHVLMNLAETTQADLCIPYVADTNYVKTD
SSDLGQLKVYVWTPLSIPSGSSNQVDVTILGSLLQLDFQNPRVYGQNVDIYDTAPSKPI
PLRKTKYLTMSTKYKWTRNKVDIAEGPGSMNMANVLSTTAAQSVALVGERAFYDPRTAG
SKSRFDDLVKISQLFSVMADSTTPSANHGIDQKGYFKWSANSDPQAIVHRNLVHLNLFP
NLKVFENSYSYFRGSLIIRLSVYASTFNRGRLNGFFPNSSTDETSEIDNAIYTICDIGS
DNSFEITIPYSFSTWMRKTHGKPIGLFQIEVLNRLTYNYSSPNEVYCIVQGKMGQDAKF
FCPTGSLVTFQNSWGSQMDLTDPLCIEDSVEDCKQTITPTELGLTSAQDDGPLGNDKPN
YFLNFKSMNVDIFTVSHTKVDNIFGRAWFAHVHDFTNDGLWRQGLEFPKEGHGALSLLF
AYFTGELNIHVLFLSDRGFLRVGHTYDTETNRTNFLSSSGIITVPAGEQMTLSVPSYSN
KPLRTVRSSNALGYLLCKPLLTGTSSGRIEIFLSLRCPNFFFPLPAPKPATRKYRGDLA
TWSDQSPYGRQGKKQLMKLAYLDRGFYKHYGIVVGDDVYQLDSDDIFKTALTGKAKFTK
TRLTPDWVVEEECELDYFRIKYLESSVNSEHIFSVDNNCETIAKDIFGSHSLSQHQQIG
LIGTILLTAGLMSTIKTPVNPTTIKEFFNHAIEGDEQGLSLLVQKCTTFFSSAATELLD
NDLVKFIIKILVRILCYMVLYCHKPNILTTACLSTLLVMDVTSSSVLSPSCKALMQCLM
DGDVKKLAEVVAESMSNTDDDEIKEQICDTVKYTKQILSNQGPFKGFNEISTAFRHIDW
WIQTLLKIKDMVLSVFKPSVEKRAVEWLERNKEHVCSILDYASDIIVKSKDQTKMKTQE
FYQRYNDCLSKFKPIMAMCFRSCHNSISNTVYRLFQELARIPNRMATQNDLIRVEPIGI
WIQGEPGQGKSFLTHTLSKQLQKTCGLQGIYTNPTASEFMDGYDNQDIHLIDDLGQTRK
ERDIEMLCNCISSDPDIVPMAHLEEKGKFYTSKLVIATTNKPDFSSTVLLDSGALRRRF
PYIMHIRAAKHYSKSGKLNVSQAMPHMSTGECWEVSKNGRDWETLKLKELIDKITVDYK
ERIANYNTWKKQLEDQTLDDLDDAVSYIKHNYPDAIPYIDEYLNIEMSTLIEQMEAFIE
PKPSVFKCFASRVGDKIKEASREVVKWFSDKLKSMLNFVERNKAWLTVVSAVTSAIGIL
LLVTKIFKKEESKDERAYNPTLPVAKPKGTFPVSQREFKNEAPYDGQLEHIISQMAYIT
GSTTGHITHCAGYQHDEIILHGHSIKYLEQEEELTLHYKNKVFPIEQPSVTQVTLGGKP
MDLAIVKCKLPFRFKKNSKYYTNKIGTESMLIWMTEQGIITKEVQRVHHSGGIKTREGT
ESTKTISYTVKSCKGMCGGLLISKVEGNFKILGMHIAGNGEMGVAIPFNFLKNDMSDQG
IVTEVTPIQPMYINTKSQIHKSPVYGAVEVKMGPAVLSKSDTRLEEPVDCLVKKSASKY
RVNKFQVNNELWQGVKACVKSKFREIFGVNGIVDMKTAILGTSHVNSMDLSTSAGYSFV
KSGYKKKDLICLEPFSVSPMLEKLVQEKFHNLLKGNQITTIFNTCLKDELRKLDKIATG
KTRCIEACEIDYCIVYRMIMMEIYDKIYQTPCYYSGLAVGINPYRDWHFMINALNDYNY
EMDYSQYDGSLSSMLLWEAVQVLAYCHDSPDLVMQLHKPVIDSDHVVFNERWLIHGGMP
SGSPCTTVLNSLCNLMMCIYTTNLISPGIDCLPIVYGDDVILSLDKEIEPERLQSIMAE
SFGAEVTGSRKDEPPSLKPRMEVEFLKRKPGYFPESTFIVGKLDTENMIQHLMWMKNFS
TFKQQLQSYLMELCLHGKDTYQHYVKILNPYLKEWNIPVDDYEVVIGKLVPMVFD

Источники

  1. dic.academic.ru
  2. ru.wikipedia.org/wiki/Пикорнавирусы
  3. ru.wikipedia.org/wiki/Парэховирусы
  4. В.В.Зверев, Л.Н. Голицина, С.Г. Фомина, Гентотипирование парэховирусов человека методом полимеразной цепной реакции, Медицинский альманах №2, 2010
  5. Protein Data Bank in Europe
  6. medicine-live.ru
© Анна Камышева 2016