Визуализация биомолекул с помощью JMol

На данной страничке расположен Jmol-апплет*, иллюстрирующий различные способы изображения белка Рибонуклеазы J1 (PDB ID: 3zq4). Этот белок встречается у сенной палочки (Bacillus subtilis) и относится к типу нуклеаз, учавствует в созревании и деградации мРНК.^[1] ^[2] Работа выполнена при помощи использлования программы Jmol. Данные о структуре белка были взяты из базы данных PDB.^[1] Также можно ознакомиться с используемым скриптом, перейдя по ссылке ниже.

Скрипт

Параметры водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре
Имя атома	Длина связи (A)	Угол N-O-C (°)
Альфа-спирали
N(455LUE)-O(451GLY)	3.31	145.8
N(456ARG)-O(452ASN)	3.09	142.0
N(464GLU)-O(460ILE)	3.20	156.7
Бета-тяжи
N(549LEU)-O(467VAL)	3.12	157.5
N(466LEU)-O(489ARG)	3.00	165.6
N(487ILE)-O(468ILE)	3.00	155.0

Исходя из данных таблицы, можно сделать вывод, что в целом длина связи в альфа-спиралях больше таковой в бета-тяжах, однако угол N-O-C в бета-тяжах больше. По выборке данного размера сложно судить о каких-либо закономерностях, для более точной оценки необходимо больше данных.

ИСТОЧНИКИ

* В случае, если не работает апплет, просьба попробовать использовать для его загрузги другой браузер, или зайти на страничку с другого устройства.