ОТОБРАННЫЕ БАКТЕРИИ |
Для построения филоентического дерева из предложенного списка были отобраны семь различных видов бактерий, представленных на общем филогенетическом
дереве из задания практикума. Краткая информация о выбранных видах приведена ниже в Таблице 1.
После, на основании общего дерева было построено филогенетическое дерево для данных семи видов, приведенное на Рис. 1. Также можно ознакомиться с его скобочной
формой и его перечисленными нетривиальными ветвями. |
Таблица 1. Отобранные виды бактерий
| Назввание вида | Мнемоника |
| Burkholderia cenocepacia | BURCA |
| Neisseria meningitidis | NEIMA |
| Pseudomonas aeruginosa | PSEAE |
| Salmonella typhimurium | SALTY |
| Yersinia pestis | YERPE |
| Vibrio cholerae | VIBCH |
| Haemophilus influenzae | HAEIN |
|
СКОБОЧНАЯ ФОРМУЛА ДЕРЕВА |
((((HAEIN,(SALTY,YERPE)),VIBCH),PSEAE),(BURCA,NEIMA)); |
ИЗОБРАЖЕНИЕ ДЕРЕВА |
Рис.1 Филогенетическое дерево нескольких видов бактерий. |
ВЕТВИ ДЕРЕВА |
| Данное дерево содержит четыре нетривиальных ветви: |
| {BURCA, NEIMA} против {PSEAE, VIBCH, YERPE, SALTY, HAEIN} |
| {BURCA, NEIMA, PSEAE} против {VIBCH, YERPE, SALTY, HAEIN} |
| {BURCA, NEIMA, PSEAE, VIBCH} против {YERPE, SALTY, HAEIN} |
| {BURCA, NEIMA, PSEAE, VIBCH, HAEIN} против {YERPE, SALTY} | |
ТАКСОНОМИЯ |
Ниже, в Таблице 2 приведена информация о таксономическом положении семи выбранных видов бактерий. Данные Таблицы 2 получены
из таксономической базы NCBI: NCBI Taxonomy
Яркими цветами в таблицы помечены таксоны, соответствующие нетривиальным ветвям построенного дерева. Как видно из Таблицы 2, нетривиальные ветви
данного дерева отделяют различные классы и порядки. |
Таблица 2. Таксономическое положение 7 видов бактерий.
| Мнемоника | BURCA | NEIMA |
| Species | Burkholderia cenocepacia | Neisseria meningitidis |
| Superkingdom | Bacteria | Bacteria |
| Phylum | Proteobacteria | Proteobacteria |
| Class | Betaproteobacteria | Betaproteobacteria |
| Order | Burkholderiales | Neisseriales |
| Family | Burkholderiaceae | Neisseriaceae |
| Genus | Burkholderia | Neisseria |
| Species | Burkholderia cenocepacia | Neisseria meningitidis |
| Taxonomy ID | 95486 | 487 |
| Мнемоника | VIBCH | HAEIN | PSEAE |
| Species | Vibrio cholerae | Haemophilus influenzae | Pseudomonas aeruginosa |
| Superkingdom | Bacteria | Bacteria | Bacteria |
| Phylum | Proteobacteria | Proteobacteria | Proteobacteria |
| Class | Gammaproteobacteria | Gammaproteobacteria | Gammaproteobacteria |
| Order | Vibrionales | Pasteurellales | Pseudomonadales |
| Family | Vibrionaceae | Pasteurellaceae | Pseudomonadaceae |
| Genus | Vibrio | Haemophilus | Pseudomonas |
| Species | Vibrio cholerae | Haemophilus influenzae | Pseudomonas aeruginosa |
| Taxonomy ID | 666 | 727 | 287 |
| Мнемоника | YERPE | SALTY |
| Species | Yersinia pestis | Salmonella typhimurium |
| Superkingdom | Bacteria | Bacteria |
| Phylum | Proteobacteria | Proteobacteria |
| Class | Gammaproteobacteria | Gammaproteobacteria |
| Order | Enterobacterales | Enterobacterales |
| Family | Yersiniaceae | Enterobacteriaceae |
| Genus | Yersinia | Salmonella |
| Species | Yersinia pestis | Salmonella typhimurium |
| Taxonomy ID | 632 | 90371 |
|
Таблица 3 иллюстрирует какие именно таксоны выделяют различные нетривиальные ветви полученного дерева для данных семи видов бактреий. |
Таблица 3. Таксоны, соответствующие нетривиальным ветвям дерева.
| Ранг таксона | Его название | Соответствующая нетривиальная ветвь |
| Класс | Betaproteobacteria/ Gammaproteobacteria | {BURCA, NEIMA} против {PSEAE, VIBCH, YERPE, SALTY, HAEIN} |
| Порядок | Enterobacterales | {BURCA, NEIMA, PSEAE, VIBCH, HAEIN} против {YERPE, SALTY} |
|
Более наглядно данная информация представлена на Рис.2. На данном рисунке подписаны некоторые таксоны, выделенные различными ветвями. Цветные подписи
обозначают таксоны, выделенные нетривиальными ветвями, черные подписи - некоторые таксоны, выделенные тривиальными ветвями. |
Рис.2 Таксоны, выделенные нетривиальными ветвями. |
|
Главнaя страница
|