ПОСТРОЕНИЕ ДЕРЕВА |
С помощью программы blastp для белка CLPX_ECOLI
были найдены гомологи среди протеомов семи видов бактерий, отобранных в практикуме 1. Названия и мнемоники данных видов отображены в Таблице 1. |
Таблица 1. Отобранные виды бактерий
| Назввание вида | Мнемоника |
| Burkholderia cenocepacia | BURCA |
| Neisseria meningitidis | NEIMA |
| Pseudomonas aeruginosa | PSEAE |
| Salmonella typhimurium | SALTY |
| Yersinia pestis | YERPE |
| Vibrio cholerae | VIBCH |
| Haemophilus influenzae | HAEIN |
|
Поиск по протеомам данных видов выдал 29 находок, 6 из которых повторялись дважды. Таким образом было обнаружено 23 гомологичных белка.
Информация о находках представлена в Таблице 2. |
Таблица 2. Находки blastp.
| Мнем. | % Ident | E-val | Мнем. | % | E-v | Мнеv. | % | E-v | Мнеv. | % | E-v |
| CLPX_SALTY | 98.35 | 0.0 | HSLU_VIBCH | 48.00 | 1e-22 | HSLU_HAEIN | 35.27 | 7e-19 | FTSH_SALTY | 34.62 | 2e-05 |
| CLPX_YERPE | 92.69 | 0.0 | HSLU_VIBCH | 32.75 | 6e-19 | HSLU_SALTY | 45.00 | 3e-20 | Q0WBE7_YERPE | 34.62 | 2e-05 |
| CLPX_VIBCH | 84.27 | 0.0 | HSLU_PSEAE | 36.69 | 1e-21 | HSLU_SALTY | 33.02 | 6e-19 | A0A0H2XMS5_BURCA | 36.36 | 1e-04 |
| CLPX_PSEAE | 77.03 | 0.0 | HSLU_PSEAE | 30.67 | 3e-17 | HSLU_BURCA | 47.06 | 5e-17 | Q9HV48_PSEAE | 33.77 | 2e-04 |
| CLPX_BURCA | 74.22 | 0.0 | HSLU_YERPE | 45.00 | 2e-21 | HSLU_BURCA | 31.76 | 3e-16 | RUVB_NEIMA | 33.90 | 2e-04 |
| CLPX_HAEIN | 69.78 | 0.0 | HSLU_YERPE | 34.42 | 1e-20 | Q9KU86_VIBCH | 33.75 | 1e-05 | FTSH_HAEIN | 33.33 | 2e-04 |
| CLPX_NEIMA | 69.21 | 0.0 | HSLU_HAEIN | 45.00 | 3e-20 | Q74RB9_YERPE | 25.00 | 2e-05 | YIFB_SALTY | 24.64 | 3e-04 |
|
Полученные файлы были скачены из базы данных Uniprot и выравнены при помощи программы muscle командой
muscle -in protens.fasta -out aligned_proteins.fasta |
После этого из полученного выравнивания в программе MEGA было построено филогенетическое дерево с использованием метода Maximum Likelihood. |
АНАЛИЗ ДЕРЕВА |
Рис.1 Дерево ортологов и паралогов. |
Как видно, из Рис.1 ортологами, т.е. гомологичными белками разошедшимися в результате видообразования являются:
- Белки группы CLPX, присутствующие во всех семи видах
- Белки HSLU, присутствующие в 6 видах
- Белки FTSH бактерий SALTY и YERPE
Все ортологи из одной группы имели общего предка и разошлись в результате видообразования. |
Примеры паралогов, то есть гомологичных белков среди представителей одного вида, полученных в результате генных дупликаций:
- Паралогами являются между собой белки групп CLPX и HSLU. Эти белки возникли в результате генной дупликации у общего предка данных видов бакерий.
- Паралогами являются белки Q74RB9 YERPE и Q0WBE7 YERPE. Данные белки аналогично возникли дупликацией генов у общего предка видов.
|
|
Главнaя страница
|