PSI-BLAST. СОСТАВЛЕНИЕ СЕМЕЙСТВА ГОМОЛОГОВ.

В расках данного задания для белковой последовательности последовательности с идентификатором AC P74518 при помощи psi-blast было найдено семейство гомологов путем нескольких итераций поиска, результаты которых приведены в Таблице 1.

Рассматриваемый белок является фактором стимулирования гибернации рибосомы (Ribosome hibernation promotion factor) организма Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa). Он необходим для димеризации активных 70S рибосом в 100S рибосомы в стационарной фазе; 100S рибосомы трансляционно неактивны и иногда присутствуют при экспоненциальном росте.^[1]

Как видно из таблицы, всего было произведено 4 итерации поиска (поск по банку Swiss-Prot, параметры по умолчанию). Уже на второй выборка стабилизировалась, на последующих итерациях количество находок выше порога не изменялось и составило 28. При этом на последних двух итерациях e-value худщей находки выше порога также не изменялось, а значение e-value лучшей находки ниже порога на четвертой итерации совпало со значением на второй.

Так как разница между e-value лучшей находки ниже порога и худшей находки выше порога довольно высокое (порядка e-18), можно сказать, что найденная выборка действительно состоит из семейства гомологов.

PROSITE

банке Prosite был осуществлен поиск по последовательности RF1_BURCA, который выявил наличие в последовательности одного паттерна. c идентификатором PS00745 (RF_PROK_I) и следующей консенсусной последовательностью:

[ARH]-[STA]-x-G-x-G-G-Q-[HNGCSY]-[VI]-N-x(3)-[ST]-[AKG]-[IV]

Далее было рассметоренно выравнивание 18 белков из 18 различных видов бактерий (fasta-файл), представленное на Рис.1. По 228-244 позициям выравнивания была построена более строгая консенсусная последовательность с добавлением рядомстоящих консервативных столбцов:

R-[SA]-[SQ]-G-A-G-G-Q-H-[IV]-N-[TK]-T-[DE]-S-A-[IV]-R-[IVL]-T-H-[IL]-P-[TS]-G

Рис.1 Выравнивание белков терминации трансляции 1 из 18 различных видов бактерий.

Далее в банке prosite был осуществлен поиск по новой консенсусной последовательности, который выявил 367 находок. После из банка Uniprot (c помощью запроса: mnemonic:rf1_* taxonomy:proteobacteria) были найдены всевозможные последовательности факторов терминации трансляции 1, число которых составило 408. Их сравнение производилось с помощью следующего скрипта.

В результате сравнения были определены следующие параметры:

1. TP (пересечение списков) - 307
2. FP (белки, нашедшиеся паттерном, но не содержащиеся в uniprot) - 60
3. FN (ненайденные петтерном последовательности из uniprot) - 101

Те же самые действия были произведены для строгой консенснусной последовательности, построенной по выравниванию Рис.1, однако быз добавления рядомстоящих консервативных позиций. Число находок составило 480.

1. TP - 340
2. FP - 140
3. FN - 68

R-[SA]-[SQ]-G-A-G-G-Q-H-[IV]-N-[TK]-T-[DE]-S-A-[IV]

CCЫЛКИ

• http://www.uniprot.org/uniprot/P74518