Изображение выравниваний

Для данной работы были взяты последовательности 6 белков из базы данных Uniprot:
- B2V9A2_SULSY
- A0A075JG53_9MICO
- S8AVC0_PENO1
- G7YYL9_CLOSI
- V6KMP3_STRRC
- K9PQ22_9CYAN
Скачаны они были с помощью команды entret в Bash, среди которых нужно было обнаружить 1 не гомологичный остальным. Все задания выполнялись с помощью редактора выравниваний Jalview.

Задание 1

Все скачанные последовательности объединяются в один файл, который открывается в программе Jalview так: File -> Add sequenses -> From file. Потом строится множественное выравнивание программой Muscle, которая запускается так: Выделение всех последовательностей -> Web Service -> Alignment -> Muscle with Defaults.

Задание 2

Негомологичной всем остальным оказалась последовательность с ID - A0A075JG53_9MICO. Чтобы найти отличающуюся последовательность можно сделать множественное выравнивание всех последовательностей и раскрасить по схеме BLOSUM62, далее тоже самое, удаляя по одной последовательности. В итоге, у выравнивания без лишней последовательности будет значительно больше консервативных колонок, чем в исходном выравнивании и выравниваний без других последовательностей. В данном случае удаление A0A075JG53_9MICO давало однозначное преимущество в числе консервативных колонок, что позволило без сомнений назвать её негомологичной всем остальным. На Рис.1 изображено полученное выравнивание, а сравнить его с исходным вы можете, перейдя по сслыке внизу страницу, где весь проект Jalview.

Рис.1 Выравнивание без A0A075JG53_9MICO раскрашенное по схеме BLOSUM62