|
Карань Анна |
|||
| Главная | О себе | Учеба | ФББ МГУ |
Филогенетические деревья
Цель занятия: поработать с филогенетическим деревом нескольких бактерий. Из списка бактерий отдела фирмикут нужно выбрать 7-8 названий, нарисовать для него дерево и немного описать.
Отобранные бактерии
| Таблица 1. Выбранные виды бактерий | |
| Bacillus anthracis | BACAN |
| Clostridium botulinum | CLOBA |
| Clostridium tetani | CLOTE |
| Finegoldia magna | FINM2 |
| Lactobacillus acidophilus | LACAC |
| Listeria monocytogenes serovar 1/2a | LISMO |
| Staphylococcus epidermidis | STAES |
| Streptococcus pneumoniae serotype 4 | STRPN |
Скобочная формула дерева
| ((FINM2,(CLOTE,CLOBA)),((LACAC,STRPN),(STAES,(BACAN,LISMO)))); |
Ссылка на файл со скобочной формулой дерева:pr1_tree.nwk
Изображение дерева
Изображение получено при открытие в MEGA файла со скобочной формулой в формате nwk.
Нетривиальные ветви дерева
Мы называем ветвь нетривиальной, если она разбивает множество листьев на подмножества, в каждом из которых более одного элемента.
| Таблица 2. Нетривиальные ветви (ветви первого столбца против ветвей второго) | |
| {CLOTE, CLOBA} | {FINM2, LACAC, STRPN, BACAN, LISMO, STAES} |
| {CLOTE, CLOBA, FINM2} | {LACAC, STRPN, BACAN, LISMO, STAES} |
| {LACAC, STRPN} | {CLOTE, CLOBA, FINM2, BACAN, LISMO, STAES} |
| {BACAN, LISMO} | {CLOTE, CLOBA, FINM2, LACAC, STRPN, STAES} |
| {BACAN, LISMO, STAES} | {CLOTE, CLOBA, FINM2, LACAC, STRPN} |
©Карань Анна, 2015