Карань Анна студентка факультета биоинженерии и бионформатики
Главная	О себе	Учеба	ФББ МГУ

Реконструкций филогении

Задание 1. Связь таксонов и нетривиальных ветвей нашего дерева

Цель данного задания: Пользуясь таксономическим сервисом NCBI [1], определите, к каким таксонам относятся отобранные бактерии, и какие нетривиальные ветви на дереве отобранных бактерий выделяют какие-нибудь из таксонов.

Таблица 1. Выбранные виды бактерий в 1-ом практикуме
Вид бактерии	Краткое обозначение	Систематическое положение
Bacillus anthracis	BACAN	Terrabacteria group; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Bacillaceae;Bacillus
Clostridium botulinum	CLOBA	Terrabacteria group; Firmicutes; Clostridia; Clostridiales; Clostridiaceae; Clostridium
Clostridium tetani	CLOTE	Terrabacteria group; Firmicutes; Clostridia; Clostridiales; Clostridiaceae; Clostridium
Finegoldia magna	FINM2	Terrabacteria group; Firmicutes; Tissierellia; Tissierellales; Peptoniphilaceae; Finegoldia
Lactobacillus acidophilus	LACAC	Terrabacteria group; Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Lactobacillaceae; Lactobacillus
Listeria monocytogenes serovar 1/2a	LISMO	Terrabacteria group; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Listeriaceae; Listeria; Listeria monocytogenes
Staphylococcus epidermidis	STAES	Terrabacteria group; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Staphylococcaceae; Staphylococcus
Streptococcus pneumoniae serotype 4	STRPN	Terrabacteria group; Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Streptococcaceae; Streptococcus; Streptococcus pneumoniae

На Таблице 1 показаны выбранные бактерии и их систематическое положение. Теперь необходимо соотнести это с Таблицей 2, где отображены нетриавиальные ветви дерева из первого практикума.

Таблица 2. Нетривиальные ветви (ветви первого столбца против ветвей второго)
1	{CLOTE, CLOBA}	{FINM2, LACAC, STRPN, BACAN, LISMO, STAES}
2	{CLOTE, CLOBA, FINM2}	{LACAC, STRPN, BACAN, LISMO, STAES}
3	{LACAC, STRPN}	{CLOTE, CLOBA, FINM2, BACAN, LISMO, STAES}
4	{BACAN, LISMO}	{CLOTE, CLOBA, FINM2, LACAC, STRPN, STAES}
5	{BACAN, LISMO, STAES}	{CLOTE, CLOBA, FINM2, LACAC, STRPN}

Таблица 3. Нетривиальные ветви, виды которых относятся к одному таксону, в отличие от других.
	Ветвь, относящаяся к одному таксону	Объединяющий таксон	Ранг объединяющего таксона
1	{CLOTE, CLOBA}	Clostridia; Clostridiales; Clostridiaceae; Clostridium	До рода
2	{LACAC, STRPN, BACAN, LISMO, STAES}	Bacilli	Класс
3	{LACAC, STRPN}	Lactobacillales	Порядок
5	{BACAN, LISMO, STAES}	Bacillales	Порядок

Рис.1 объединяет все вышеприведенные таблицы, на нем подписаны таксоны, к которым относятся лишь бактерии этой нетривиальной ветви.

Задание 2

Я выбрала функцию белка - энолазу (ENO), или фосфопируватгидратаза — фермент, участвующий в предпоследнем этапе гликолиза.

Задания 3-6

Проект Jalview , выравнивание в fasta формате.

Задание 7*

Задание 8*

Список литературы

1. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/taxonomy/

---